法医学杂志, 2021, 37(5): 639-645 DOI: 10.12116/j.issn.1004-5619.2020.500509

论著

EX20+30Y试剂盒的建立及法医学应用

周旭明,1, 高登星2, 李发院,3

1.上饶公安司法鉴定中心,江西 上饶 334000

2.新余公安司法鉴定中心,江西 新余 338000

3.无锡中德美联生物技术有限公司,江苏 无锡 214174

Development and Forensic Application of EX20+30Y Kit

ZHOU Xu-ming,1, GAO Deng-xing2, LI Fa-yuan,3

1.Expert Evidence Center of Shangrao Public Security, Shangrao 334000, Jiangxi Province, China

2.Expert Evidence Center of Xinyu Public Security, Xinyu 338000, Jiangxi Province, China

3.AGCU ScienTech Incorporation, Wuxi 214174, Jiangsu Province, China

通讯作者: 李发院,男,高级工程师,主要从事法医遗传学鉴定;E-mail:lifayuan2009@163.com

编委: 刘希玲

收稿日期: 2020-05-25  

Received: 2020-05-25  

作者简介 About authors

周旭明(1981—),男,主检法医师,主要从事法医遗传学鉴定;E-mail:ppbb1109@163.com

摘要

目的构建19个常染色体、30个Y-STR基因座以及性别基因座的复合PCR扩增体系(简称EX20+30Y)并评估其法医学应用价值。方法采用六色荧光标记技术,构建19个常染色体STR基因座、30个Y-STR基因座以及性别基因座的复合扩增体系。收集210份无关个体血样、69份日常案件样本、标准品9948和标准品9947A进行基因座检测分析,评估EX20+30Y复合扩增体系的灵敏度、混合样本检测能力、种属特异性、均衡性、直接扩增能力、样本适用性以及抗抑制性。结果本检测体系对210份无关个体血样复合扩增分型准确,对标准品检测灵敏度达0.125 ng,种属特异性高,69份案件检材全部准确分型,当标准品9948含一定限度范围的抑制剂时也可获得准确分型。结论本研究建立的复合扩增体系可联合检测19个常染色体、30个Y-STR基因座以及性别基因座,分型准确,灵敏度高,具有良好的法医学应用前景。

关键词: 法医遗传学 ; 短串联重复 ; 常染色体 ; Y染色体 ; 试剂盒

Abstract

ObjectiveTo develop a multiplex PCR amplification system (EX20+30Y for short) of 19 autosomes, 30 Y-STR loci plus the gender indicator, and evaluate its forensic application value.MethodsWith the six-color fluorescence labeling technology, a multiplex amplification system of 19 autosomal STR loci and 30 Y-STR loci plus the gender indicator was constructed. Blood samples from 210 unrelated individuals, 69 daily case samples and standard samples 9948 and 9947A were collected for loci detection and analysis. The EX20+30Y multiplex amplification system was evaluated by its sensitivity, mixed sample detection ability, species specificity, balance, direct amplification ability, sample applicability and anti-inhibition ability.ResultsMultiplex amplification of blood samples from 210 unrelated individuals by the detection system obtained accurate genotyping results. The detection sensitivity of standard samples was 0.125 ng and the species specificity was high. The 69 samples from daily cases were genotyped correctly. Moreover, standard sample 9948 could be accurately genotyped even if the samples contained a certain concentration of inhibitors.ConclusionThe multiplex amplification system established in this study can conduct combined examination of 19 autosomes, 30 Y-STR loci plus the gender indicator with accurate genotyping and high sensitivity. It has a good forensic application prospect.

Keywords: forensic genetics ; short tandem repeat ; autosome ; Y chromosome ; kit

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本文引用格式

周旭明, 高登星, 李发院. EX20+30Y试剂盒的建立及法医学应用. 法医学杂志[J], 2021, 37(5): 639-645 DOI:10.12116/j.issn.1004-5619.2020.500509

ZHOU Xu-ming, GAO Deng-xing, LI Fa-yuan. Development and Forensic Application of EX20+30Y Kit. Journal of Forensic Medicine[J], 2021, 37(5): 639-645 DOI:10.12116/j.issn.1004-5619.2020.500509

STR分型是目前法医遗传学中的核心分型技术[1],常染色体STR分型在个体识别和亲子关系鉴定方面发挥着重要作用,Y染色体STR(Y-STR)主要应用于父系亲缘鉴定。在一些重特大刑事案件侦察过程中,往往对现场提取的物证先进行常染色体STR检测,确认犯罪嫌疑人为男性时,加做Y-STR检测以获得更多遗传信息,为案件办理增加侦查线索。这种常规的检测程序一方面检测时间较长可能会延误抓获犯罪嫌疑人的最佳时机,另一方面犯罪嫌疑人遗留在现场物证量微,多次检测可能增加检测失败的概率[2-5]。为了克服这些局限性,本研究拟开发19个常染色体、30个Y-STR基因座以及性别基因座的六色荧光检测试剂盒(简称EX20+30Y试剂盒),将原来的2次检测变为1次检测,即可获得用于身份认定的常染色体STR基因座信息,也可获得用于家系排查的Y-STR基因座信息。

1 材料与方法

1.1 样本

血卡样本以及案件样本来源于上饶公安司法鉴定中心,包括:法庭科学DNA数据库中的无关个体血样210份;日常检案样品69份,其中血斑23份、唾液斑17份、烟蒂19份、指纹接触擦拭物4份、精斑6份。标准品9948(男性)、标准品9947A(女性)来自无锡中德美联生物技术有限公司,将标准品用双蒸水分别稀释至1.0、0.5、0.25、0.125、0.062 5 ng/μL;黑猩猩(广州市刑事科学技术研究所提供),猫、狗、猪、牛、羊、鸡血液样品(上海生物制品研究所提供),大肠杆菌(无锡中德美联生物技术有限公司提供)通过磁珠法提取得到样品DNA。

1.2 主要仪器与试剂

3730xl基因分析仪、3500xL基因分析仪、9700型PCR仪(美国Applied Biosystems公司),BSD600-DUET打孔仪(澳大利亚BSD Robotics公司),Goldeneye® DNA身份鉴定系统20A[基点认知技术(北京)有限公司],YfilerTM Plus PCR扩增试剂盒(美国Thermo Fisher Scientific公司)。引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,反应缓冲液[含2.5 mmol/L Mg2+、0.25 mmol/L dNTP、50 mmol/L Tris盐酸盐,pH值8.3、50 mmol/L KCl、10 mmol/L甜菜碱,1.2 mmol/L 牛血清白蛋白(bovine serum albumin,BSA)封闭液和6%甘油]、热启动C-Taq酶及内标AGCU Marker SIZ-700均来自无锡中德美联生物技术有限公司。样品载体包括血样采集卡(加强型)、血样采集卡(经典型)、血样采集卡(迷你型)(长春市博坤生物科技有限公司),Whatman FTA标准卡、903卡(英国Whatman公司),DNA血样采集卡(北京达博创新科技开发有限公司),普通滤纸型血卡。去离子甲酰胺(美国Applied Biosystems公司)。

1.3 复合扩增体系的建立

1.3.1 基因座的选择

选择目前应用最为广泛的Goldeneye® DNA身份鉴定系统20A全部19个常染色体STR基因座加性别基因座、YfilerTMPlus PCR扩增试剂盒全部27个Y-STR基因座、DYS596DYS527a/b,共30个Y-STR基因座(表1)。

表1   EX20+30Y试剂盒中19个常染色体和30个Y-STR基因座位点信息 (Continued Tab. 1)

Tab. 1  Site information of 19 autosome and 30 Y-STR loci in EX20+30Y Kit

基因座等位基因范围荧光 标记1)核心重复模式染色体位置GenBank 登录号2)引物体系浓度/(μmol·L-1
DYS3916~136-FAM[TCTA]Yq11.21AC011302:110.343
D3S135811~206-FAM[AGAT]3p21.31AC0995390.093
D13S3176~156-FAM[GATA]13q22~31.1AL353628.20.076
D7S8206~156-FAM[GATA]7q11.21~21.11AC0048480.102
D16S5395~156-FAM[GATA]16q24.1AC024591.30.236
Penta E5~256-FAM[AAAGA]15q26.2AC0270040.500
DYS63517~276-FAM[TCTA] [TGTA]Yq11.21AC004772:230.480
DYS385a/b9~286-FAM[GAAA]Yq11.222AC022486:110.124
DYF387S1a/b29~456-FAM[AAAG] [GTAG] [GAAG] [AAAG] [GAAG] [AAAG] [GAAG] [AAAG]Yq11.223/Yq11.23AC0252460.165
DYS45613~19HEX[AGAT]Yp11.2AC010106:150.166
TPOX6~14HEX[AATG]2p25.3M686510.345
TH014~13.3HEX[AATG]11p15.5D002690.528
D2S133814~27HEX[TGCC] [TTCC]2q35AC0101360.400
D6S10439~21.3HEX[AGAT]6q15G08539:110.194
FGA15~50.2HEX

[TTTC]3TTTTTTCT

[CTTT]CTCC[TTCC]2

4q28M649820.159
DYS4387~14HEX[TTTTC]Yq11.21AC002531:100.235
DYS44815~23HEX[AGAGAT]Yq11.223AC025227:220.165
DYS5709~27HEX[GATA]Yp11.2AC0120680.126
DYS43712~17SUM[TCTA]Yq11.21AC0029920.107
D19S4339~17.2SUM[AAGG] [AAAG] [AAGG] [TAGG] [AAGG]19q12AC008507.60.255
vWA12~22SUM[AGAT]12p13.31M258580.380
DYS1912~19SUM[TAGA]Yp11.2AC017019:150.066
CSF1PO7~15SUM[AGAT]5q33.1X147200.040
D18S519~28SUM[GAAA]18q21.33AP0015340.080
DYS62710~28SUM

[AGAA]N16[AGAG]

[AAAG]N81[AAGG]

Yp11.2AC0094910.200
DYS57612~23SUM[AAAG]Yp11.2AC0101040.100
DYS44921~39SUM[TTTC]Yp11.2AC0516630.240
DYS4605~14LYNATCTYq11.222AC0092350.050
D8S11798~19LYN[TATC]8q24.13AF2166710.200
D5S8187~15LYN[AGAT]5q21-31AC0085120.267
D21S1125~37LYN[TCTA] [TCTG]21q11.2-q21AP0004330.170
D12S39115~28LYN[AGAT]8~17[AGAC]6~10[AGAT]0~1Chr12; 12.341 MbAF07696510.290
Penta D2.2,5~17LYN[AAAGA]21q22.3AP0017520.180
DYS45812~23LYN[GAAA]Yp11.2AC010902:160.135
DYS5337~15LYN[ATCT]Yq11.221AC0535160.321
DYS51830~49.2LYN

[AAAG] [GAAG] [AAAG]

[GGAG] [AAAG]

Yq11.221AC0109720.360
AmelogeninX,YPUR-

X:p22.1-22.3

Y:p11.2

NG_012040.10.119
DYS3939~16PUR[AGAT]Yp11.2AC006152:120.166
DYS38911~16PUR[TCTG] [TCTA]Yq11.21AC004617:120.180
DYS4397~15PUR[AGAT]Yq11.21AC002992:130.190
DYS38925~33PUR[TCTG] [TCTA] [TCTG] [TCTA]Yq11.21AC004617:290.263
DYS3927~17PUR[TAT]Yq11.223AC011745:130.198
Y-GATA-H47~15PUR[TAGA]Yq11.1AC011751:120.216
DYS39019~27PUR[TCTA] [TCTG]Yq11.221AC011289:240.160
DYS48116~32PUR[CTT]Yp11.2AC016991.5:220.143
DYS59612~18PUR[GGA] [GTA] [GGA] [GAA] [GGAGAA]Yp11.2AC0169910.384
DYS527a/b16~29PUR[GGAA]Yq11.223AC0167520.270

注:1)6-FAM为蓝色荧光,HEX为绿色荧光,SUM为黄色荧光,LYN为红色荧光,PUR为紫色荧光;2)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/。“-”表示无重复模式。

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1.3.2 引物的设计与合成

根据引物体系的灵敏度、均衡性、扩增效率、适用性等要求,试剂盒采用六色荧光(图1)。为达到试剂盒1次PCR反应可以检测50个DNA位点的目的,将试剂盒的内标片段长度提升至700 bp,内标排布在试剂盒的第6组,采用SIZ(橙色荧光)标记(图1)。

图1

图1   EX20+30Y试剂盒基因座位置分布

蓝色表示6-FAM标记,绿色表示HEX标记,黄色表示SUM标记,红色表示LYN标记,紫色表示PUR标记,橙色竖条表示内标。

Fig. 1   Loci distribution in EX20+30Y Kit


1.3.3 复合扩增体系的建立与优化

为保证复合扩增体系的效能与特异性,引物体系以单位点扩增、单色通道复合、全部引物混合扩增为原则,反复验证测试,最终确定引物复合扩增体系。根据表1引物浓度组配复合扩增引物体系。

25 μL体系:10 μL反应缓冲液,1 μL 5 U/μL 热启动C-Taq酶,5 μL 5×引物复合物,0.5~2 ng样本DNA,用双蒸水补足至25 μL。

使用9700型PCR仪进行扩增,热循环条件:95 ℃ 2 min;94 ℃ 30 s,60 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min,15个循环;90 ℃ 30 s,58 ℃ 1 min,65 ℃ 1 min,15个循环;60 ℃ 20 min。

1.3.4 STR分型

扩增产物经3500xL型基因分析仪电泳,得到STR基因座的等位基因型。电泳条件:取1 μL PCR产物或等位基因阶梯与0.5 μL AGCU Marker SIZ-700和12 μL去离子甲酰胺混合,95 ℃变性3 min后,冰浴3 min,电泳检测,使用GeneMapper®ID v3.2软件(美国Thermo Fisher Scientific公司)进行基因分型。

1.4 复合扩增体系的性能及应用评价

1.4.1 灵敏度检测

取标准品9948,每25 μL扩增体系分别以1.0、0.5、0.25、0.125、0.062 5 ng的模板量,进行PCR扩增和DNA分型检测,每种浓度进行3次平行实验。

1.4.2 混合样本检测

取标准品9948和标准品9947A,模板总量为1 ng,分别按1∶1、1∶4、1∶9、1∶19的体积比混合,进行 PCR扩增和STR分型检测,每种混合比进行3次平行实验。

1.4.3 种属特异性检测

分别取1 μL 0.5 ng/μL人、黑猩猩DNA样本,10 ng/μL猫、狗、猪、牛、养、鸡DNA样本和10 ng大肠杆菌进行物种特异性研究,每种样本进行3次平行实验,根据试剂盒Ladder进行分析研究,按仪器使用手册上设置cutoff阈值175 RFU。

1.4.4 不同直接扩增检材适用性检测

对于同一个体的血液,采用不同类型的血卡[血样采集卡(加强型)、血样采集卡(经典型)、血样采集卡(迷你型)、Whatman FTA标准卡、903卡、DNA血样采集卡、普通滤纸型血卡]保存,通过试剂盒直接扩增后进行适用性测试。

1.4.5 案件生物检材适用性检测

日常检案样本69份,采用磁珠法提取,采用EX20+30Y试剂盒、Goldeneye® DNA身份鉴定系统20A、YfilerTM Plus PCR扩增试剂盒进行PCR扩增和STR分型。

1.4.6 抗抑制剂能力测试

采用常见抑制剂血红素、血红蛋白、腐殖酸、靛蓝、钙离子(Ca2+)和乙二胺四乙酸(ethylenediaminetetraacetic acid,EDTA)进行抗抑制剂能力测试。均以0.5 ng标准品9948为模板进行扩增,抑制剂浓度分别为:血红素20、50、80、100和150 μmol/L;血红蛋白50、80、100、150和200 μmol/L;腐殖酸20、50、80、100和150 ng/μL;靛蓝4、5、8、10和12 mmol/L;Ca2+ 0.1、0.2、0.5、0.7和1.0 mmol/L;EDTA 0.1、0.5、0.8、1.0和1.2 mmol/L。

1.4.7 重复性测试

对相同DNA样本分别在Applied BiosystemsTM 3730xl基因分析仪和3500xL基因分析仪中进行分型检测。扩增采用25 μL体系,每组分别扩增10个标准品9947A、标准品9948。

2 结果

2.1 灵敏度

标准品9948以1.0、0.5、0.25、0.125、0.062 5 ng为模板量进行扩增,结果显示,当DNA模板量大于或等于0.125 ng时,3次重复实验中DNA图谱分型完整,分型结果准确清晰,均未有DNA位点丢失的情况发生;当模板量为0.062 5 ng时,3次重复实验均未获得完整分型,存在DYS533、DYF387S1a/bDYS449等基因座丢失的情况。

2.2 混合样本检测结果

表2显示,V9948V9947A在1∶1和1∶4混合的情况下,标准品9948的Y-STR基因座全部检出。随着混合样本中标准品9947A模板含量的提高,当V9948V9947A为1∶9时,标准品9948含量为0.1 ng,低于检测限0.125 ng,Y-STR基因座检出数为27个(共30个),其中第1次5个Y-STR基因座未读出,分别为DYS533、DYF387S1a/b、DYS481DYS518;第2次,基因座DYS533丢失;第3次,DYS533DYF387S1a/b 3个基因座丢失。当V9948V9947A为1∶19时,存在多个Y-STR位点的丢失情况,基因座检出数为19个(共30个)。

表2   不同比例的混合样本中Y-STR峰型检出数

Tab. 2  Y-STR peak number in the mixed samples with different concentrations

V9948V9947A标准品9948质量/pg标准品9947A质量/pg3次测量平均值/(x¯±s,个)
1∶150050030±0
1∶420080030±0
1∶910090027±2
1∶195095019±2

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2.3 种属特异性

在灵长类动物(黑猩猩)的DNA分型图谱中,观察到一些在100~400 bp的小峰,这些小峰可通过ladder校准后off-ladder读数与人类基因组DNA图谱区分开来。其他常见动物和微生物菌落在10 ng DNA作为起始样本扩增下均未出现有效峰型结果。

2.4 不同直接扩增检材适用性

在210份无关个体血样中直接扩增时全部检测成功,且图谱分型完整,均衡性较好,其检测成功率100%(图2)。

图2

图2   血样检测结果图谱举例

Fig. 2   Example of the blood sample typing result map


从210例血卡中,选择同一个体不同类型的血卡[血样采集卡(加强型)、血样采集卡(经典型)、血样采集卡(迷你型)、Whatman FTA标准卡、903卡、DNA血样采集卡、普通滤纸型血卡]保存,检测结果显示,在不同类型的血卡载体中分型结果均一致。

2.5 案件生物检材适用性

69份不同类型案件检材用磁珠法提取检测,STR分型图谱清晰完整,与Goldeneye® DNA身份鉴定系统20A和YfilerTM Plus PCR扩增试剂盒中相对应基因座的DNA分型结果完全一致。

2.6 试剂盒抗抑制剂能力测试

试剂盒抗抑制剂能力测试结果如表3所示。从表3中可以看出,在血红素浓度为20、50 μmol/L,血红蛋白浓度为50和80 μmol/L,腐殖酸质量浓度为20 ng/μL,靛蓝浓度为4、5、8和10 mmol/L,Ca2+浓度为0.1、0.2、0.5和0.7 mmol/L,EDTA浓度0.5、0.8、1.0和1.2 mmol/L时,均得到100%峰型读出率。当血红素浓度增加到80 μmol/L时,DYS635、DYS19、DYS392等11个基因座未读出。血红蛋白增加到100 μmol/L时,DYS19、DYS392、DYS635基因座丢失;当浓度进一步增加到200 μmol/L时,50个基因座全部丢失。当腐殖酸质量浓度增加到50 ng/μL时,DYS596、DYS635、DYS19、DYS392、DYS533、Y-GATA-H4、DYS390DYF387S1a/b共9个基因座均丢失。Ca2+浓度增加到1.0 mmol/L以及EDTA浓度增加到1.2 mmol/L时,DYS19、DYS392、DYS533位点也均丢失。

表3   添加不同浓度抑制剂下的基因座检出率

Tab. 3  Loci detection rate of different concentrations of inhibitors

抑制剂

浓度/

(μmol·L-1

检出率/

%

抑制剂

浓度/

(μmol·L-1

检出率/

%

抑制剂

浓度/

(μmol·L-1

检出率/

%

血红素20100腐殖酸20100Ca2+0.1100
5010050820.2100
807880360.5100
10038100280.7100
15001500194
血红蛋白50100靛蓝4100EDTA0.5100
8010051000.8100
1009481001100
15046101001.2100
200012941.584

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2.7 试剂盒重复性测试

重复性测试结果表明:10次PCR扩增产物分别在3730xl 基因分析仪和3500xL基因分析仪进行检测,发现2台仪器上检测结果分型一致,但3730xl 基因分析仪检测图谱对于大于500 bp的片段,峰型偏宽(图3~4)。

图3

图3   采用3500xL基因分析仪和EX20+30Y试剂盒检测标准品9948的电泳图谱

Fig. 3   Electrophoretogram of standard sample 9948 tested by 3500xL Gene Analyzer and EX20+30Y Kit


图4

图4   采用3730xl基因分析仪和EX20+30Y试剂盒检测标准品9948的电泳图谱

Fig. 4   Electrophoretogram of standard sample 9948 tested by 3730xl Gene Analyzer and EX20+30Y Kit


3 讨论

专利《一种人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒》[3]曾经公开了一种16个常染色体STR基因座联合10个Y-STR基因座的同步检测方法 ,但由于其中Y-STR基因座太少,分辨能力有限,排查能力不足。目前常用的常染色体STR检测试剂盒和Y染色体STR检测试剂盒,均只能分别对常染色体STR和Y染色体STR进行检测。鉴于案件中男性罪犯居多,将常染色体STR和Y染色体STR的基因座纳入一个试剂盒中对其进行同步检测,将能极大节约办案时间和经费,提升办案效率[6]

EX20+30Y试剂盒可联合分析常染色体基因座和Y染色体基因座的STR位点,一次性获得19个常染色体与30个Y染色体以及性别基因的遗传信息,是目前国内外采用六色荧光标记复合扩增技术中,所含基因座数量最多的常染色体与Y-STR联合检测方法[7-10]。本试剂盒还采用直接扩增技术,能有效缩短整个检测过程时间,提高整体系统效能。此外,对血痕样本及各类案件检材均具有很好的适应性,灵敏度达到0.125 ng。在种属特异性方面,不同来源的人体生物检材,包括血斑、唾液斑、精斑等,均可获得可信的基因分型图谱;对非人体DNA,包括狗、猪、牛、羊、猫、鸡及大肠杆菌DNA,在分型范围内均不出现特异的DNA分型,表明该检测体系种属特异性高。

综上所述,本研究建立的EX20+30Y试剂盒,其稳定性、准确性、灵敏度和样品适用性以及抗抑制性均达到了商品化试剂盒的检测水平,为法庭科学实践提供了一种更快速和便捷的方法,在刑案侦破以及亲权鉴定方面均具有潜在应用价值。

参考文献

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