法医学杂志 ›› 2019, Vol. 35 ›› Issue (4): 387-392.DOI: 10.12116/j.issn.1004-5619.2019.04.001
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吕叶辉1,2,3, 黎世莹2, 李志宏1, 陶瑞旸2,3, 邵煜2, 胡茜1, 杨智昉1, 陈忆九2,3
LÜ Ye-hui1,2,3, LI Shi-ying2, LI Zhi-hong1, TAO Rui-yang2,3, SHAO Yu2, HU Qian1, YANG Zhi-fang1, CHEN Yi-jiu2,3
摘要: 目的 定量分析并对比冻存器官和甲醛固定石蜡包埋(formaldehyde-fixed and paraffin-embedded,FFPE)组织中核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)的表达情况。 方法 选取不同死亡时间人体脑、心肌和肝组织的冻存及FFPE样本,提取并检测RNA质量浓度,运用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)技术分析各RNA指标的扩增效率及相对表达量。 结果 与冻存样本相比,FFPE样本中所提取RNA的质量浓度和完整性相对较低。各RNA指标扩增效率与RNA种类及扩增产物长度有关,其中扩增产物较长的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)及β-肌动蛋白(β-actin,ACTB)扩增效率不理想,而5S核糖体RNA(5S ribosomal RNA,5S rRNA)扩增效率理想且在各组织中表达稳定,故选为内参指标。较长死亡时间的冻存样本及FFPE样本中扩增产物较长的GAPDH及ACTB表达量下降,而组织特异性微小RNA(microRNA,miRNA)以及扩增产物较短的GAPDH和ACTB在同一组织冻存和FFPE样本中表达具有一致性。 结论 通过标准化RT-qPCR实验,选取合适的RNA指标及设计合适产物长度的引物,能够准确定量FFPE样本中RNA的表达水平。