北川羌族人群57个常染色体InDel位点的遗传多态性及群体遗传结构分析

doi:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.511102

北川羌族人群57个常染色体InDel位点的遗传多态性及群体遗传结构分析

蒋春月^,¹, 马浩¹, 范庆炜¹, 杨慧凌¹, 徐冬冬¹, 王韵¹, 杜冰^,¹^,²

1.川北医学院基础医学与法医学院，四川南充 637000

2.川北医学院司法鉴定中心，四川南充 637000

Analysis of Genetic Polymorphism and Population Genetic Structure of 57 Autosomal InDel Loci in Beichuan Qiang Population

JIANG Chun-yue^,¹, MA Hao¹, FAN Qing-wei¹, YANG Hui-ling¹, XU Dong-dong¹, WANG Yun¹, DU Bing^,¹^,²

1.School of Basic Medicine and Forensic Medicine, North Sichuan Medical College, Nanchong 637000, Sichuan Province, China

2.Forensic Science Service Center of North Sichuan Medical College, Nanchong 637000, Sichuan Province, China

通讯作者: 杜冰，女，博士，教授，主要从事法医学教学、科研和鉴定；E-mail：dbing04@163.com

编委: 张素华

收稿日期: 2021-11-01

基金资助:

南充市科学技术和知识产权局科研项目. 16YFZJ0131

Received: 2021-11-01

作者简介 About authors

蒋春月（1996—），女，硕士研究生，主要从事法医物证学研究；E-mail：Jcy_nsmc@163.com

摘要

目的调查AGCU InDel 60荧光检测试剂盒中57个常染色体InDel（autosomal-InDel，A-InDel）位点在四川省北川羌族人群中的遗传学信息，并评估其法医学应用价值。方法采用AGCU InDel 60荧光检测试剂盒对北川200名羌族健康无关个体进行分型检测，统计分析57个A-InDel位点的等位基因频率和群体遗传学参数，并与已知的26个人群数据进行比较。结果经Bonferroni法校正，57个A-InDel位点之间不存在连锁不平衡现象，且所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡。除rs66595817、rs72085595外，其他55个A-InDel位点的最小等位基因频率均大于0.3。PIC为0.298 3~0.375 0，CDP为1-2.974 8×10^-24，CPE_duo为0.999 062 660，CPE_trio为0.999 999 999。计算遗传距离发现，北川羌族人群与北京汉族和南方汉族人群遗传距离最近，与非洲人群遗传距离较远。结论 AGCU InDel 60荧光检测试剂盒所包含的57个A-InDel位点在四川省北川羌族人群中具有良好的遗传多态性，可作为法医学个体识别和亲权鉴定的有效补充。

关键词： 法医遗传学 ; 遗传多态性 ; 插入/缺失 ; 常染色体 ; 遗传距离 ; 羌族 ; 北川

Abstract

Objective To investigate the genetic information of 57 autosomal InDel loci （A-InDels） included in AGCU InDel 60 fluorescence detection kit in the Beichuan Qiang population of Sichuan Province and evaluate its application value in forensic medicine. Methods A total of 200 unrelated healthy individuals from Beichuan Qiang population of Sichuan Province were typing detected by AGCU InDel 60 fluorescence detection kit. Allele frequencies and population genetic parameters of the 57 A-InDels were statistically analyzed and compared with the available data of 26 populations. Results After Bonferroni correction, there was no linkage disequilibrium between the 57 A-InDels, and all loci were in Hardy-Weinberg equilibrium. Except for rs66595817 and rs72085595, the minor allele frequencies of 55 A-InDels were above 0.3. PIC ranged from 0.298 3 to 0.375 0, CDP was 1-2.974 8×10^-24, CPE_duo was 0.999 062 660, and CPE_trio was 0.999 999 999. The calculation of the genetic distance showed that Beichuan Qiang population had the closest genetic distances with Beijing Han and South China Han populations, but far away from African populations. Conclusion The 57 A-InDels in AGCU InDel 60 fluorescence detection kit have a good genetic polymorphism in Beichuan Qiang population of Sichuan Province, which can be used as effective supplemental for individual identification and paternity identification in forensic medicine.

Keywords： forensic genetics ; genetic polymorphism ; insertion/deletion （InDel） ; autosome ; genetic distance ; Qiang ethnic group ; Beichuan

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本文引用格式

蒋春月, 马浩, 范庆炜, 杨慧凌, 徐冬冬, 王韵, 杜冰. 北川羌族人群57个常染色体InDel位点的遗传多态性及群体遗传结构分析. 法医学杂志[J], 2022, 38(6): 739-746 DOI:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.511102

JIANG Chun-yue, MA Hao, FAN Qing-wei, YANG Hui-ling, XU Dong-dong, WANG Yun, DU Bing. Analysis of Genetic Polymorphism and Population Genetic Structure of 57 Autosomal InDel Loci in Beichuan Qiang Population. Journal of Forensic Medicine[J], 2022, 38(6): 739-746 DOI:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.511102

插入/缺失（insertion/deletion，InDel）是基因组中插入或缺失一个或多个碱基而形成的遗传标记，属于二等位基因遗传标记^[1]。InDel多态性遗传标记兼具STR和SNP的优点，突变率低，扩增片段可小于100 bp，适用于降解检材，可采用目前法医学主流遗传标记STR常用的毛细管电泳平台进行分型，受到国内外法医学者的关注^[2]。本研究拟通过调查AGCU InDel 60荧光检测试剂盒（无锡中德美联生物技术有限公司）中57个常染色体InDel（autosomal-InDel，A-InDel）位点在四川省北川羌族自治县羌族人群中的群体遗传学数据，评估其法医学应用价值。

1 材料与方法

1.1 样本

按照知情同意原则，用FTA采血卡采集200例四川省北川羌族健康无关个体的血样，其中男性171例，女性29例。

通过Ensembl数据库（http://asia.ensembl.org/Homo_sapiens）查询千人基因组计划Ⅲ期数据，获得5个东亚人群、5个南亚人群、7个非洲人群、4个美洲人群以及5个欧洲人群共26个人群的InDel位点基因型和等位基因频率作为比较数据，探讨本研究人群与这些人群的遗传关系，具体信息见表1。

表1 数据库中26个人群的信息

Tab. 1 Information of 26 populations in the database

人群	缩写	样本量/例	所属地区	人群	缩写	样本量/例	所属地区
西双版纳傣族	CDX	94	东亚	冈比亚西部人	GWD	113	非洲
北京汉族	CHB	103	东亚	肯尼亚卢希亚人	LWK	99	非洲
南方汉族	CHS	105	东亚	塞拉利昂曼迪人	MSL	85	非洲
东京日本人	JPT	104	东亚	尼日利亚约鲁巴人	YRI	108	非洲
越南京族人	KHV	99	东亚	麦德林哥伦比亚人	CLM	94	美洲
孟加拉人	BEB	86	南亚	洛杉矶墨西哥人	MXL	63	美洲
休斯敦古吉拉特人	GIH	103	南亚	秘鲁利马人	PEL	85	美洲
英国泰卢固族人	ITU	102	南亚	波多黎各人	PUR	104	美洲
巴基斯坦拉合尔旁遮普人	PTL	96	南亚	犹他州北欧和西欧人	CEU	99	欧洲
美国斯里兰卡泰米尔人	STU	102	南亚	芬兰人	FIN	99	欧洲
巴巴多斯人	ACB	96	非洲	英国人	GBR	91	欧洲
非洲裔美国人	ASW	61	非洲	西班牙伊比利亚人	IBS	107	欧洲
尼日利亚埃桑人	ESN	99	非洲	意大利托斯卡纳人	TSI	107	欧洲

注：数据来自千人基因组计划Ⅲ期数据。

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本研究已获得川北医学院伦理委员会批准，审批文号为［2021］14号。

1.2 PCR扩增

根据AGCU InDel 60荧光检测试剂盒说明书，采用直接扩增法（免提取）对血样进行PCR扩增。扩增体系为10 μL，其中Reaction Mix 4 μL、InDel 60 Primers 2 μL、热启动U-Taq酶0.4 μL、去离子水3.6 μL，模板DNA为直径1.2 mm的血斑1片。采用9700型PCR仪（美国Applied Biosystems公司）进行扩增，扩增条件：95 ℃预变性5 min；94 ℃ 30 s，60 ℃ 60 s，62 ℃ 60 s，25个循环；72 ℃延伸10 min，4 ℃保存备用。

1.3 毛细管电泳和数据分析

采用3500基因分析仪（美国Applied Biosystems公司）进行毛细管电泳。取1 μL PCR产物、10 μL去离子甲酰胺和0.3 μL内标AGCU Marker SIZ-500混匀，95 ℃变性3 min后，立即冰浴3 min。用GeneMapper^®ID-X 1.4软件（美国Thermo Fisher Scientific公司）进行分型。InDel位点中的插入（insertion）等位基因和缺失（deletion）等位基因分别命名为I和D，Amelogenin位点的两个等位基因分别为X和Y。

1.4 质量控制

每批样本的检测均采用去离子水和标准品9948分别作为扩增的阴性对照和阳性对照。

1.5 统计分析

采用Modified-Powerstats标准版软件计算获得57个A-InDel位点的等位基因频率（F_ins和F_del）、DP、PIC、CDP。采用Cervus 3.0.7软件（http://www.fieldge netics.com/pages/home.jsp）进行Hardy-Weinberg平衡检验，并计算Ho、He、PE_trio、PE_duo、CPE_trio和CPE_duo。使用STRAF网页版（http://cmpg.unibe.ch/shiny/STRAF/）进行连锁不平衡分析。采用Arlequin 3.5.2.2软件计算遗传分化系数（F_st），并基于基因型数据计算27个人群的F_st遗传距离，再用MEGA 5.05软件（https://megasoft ware.net/）采用邻接（neighbor-joining，NJ）法构建系统发育树。采用POPTREE2软件基于基因频率计算27个人群的Nei’s遗传距离，并采用NJ法构建系统发育树。

2 结果

2.1 等位基因分型结果

200例北川羌族无关个体的血样中，57个A-InDel、2个Y-InDel和Amelogenin位点均得到有效扩增，扩增产物片段均在80~230 bp，InDel位点信息见表2。男性样本的Y-InDel位点检测到1个等位基因，Amelogenin位点检测结果为XY；女性样本的Y-InDel位点检测结果为阴性，Amelogenin位点检测结果为X。

表2 北川羌族人群59个A-InDel位点的基本信息

Tab. 2 Basic information of 59 A-InDels in Beichuan Qiang population

位点	染色体定位	InDel序列	位点	染色体定位	InDel序列
rs34421865	15q21.1	CTCT	rs59841142	1q24.1	CTAA
rs3076465	11q22.3	ATAA	rs145010051	16q24.3	GGA
rs34287950	10q25.2	TTT	rs66477007	3q13.2	TCTT
rs151335218	7q31.1	AAGT	rs142221201	7q33	AAAG
rs5787309	10q24.2	TTATT	rs67426579	7q11.23	GTG
rs67405073	9q33.3	TGA	rs145941537	12q14.3	AATT
rs60867863	6p25.1	ATTA	rs67365630	8q24.3	ACT
rs71852971	1p22.1	ACTC	rs3064355	4q28.3	AAG
rs769299	11q14.1	GATA	rs60564093	8q12.3	TCA
rs10590825	3q23	CCT	rs34076006	2q23.1	AAG
rs79225518	6q26	AAG	rs3834231	4p16.1	CCTA
rs140683187	10p13	AAC	rs61490765	14q32.12	TTAAT
rs57981446	8q23.3	AGGAG	rs72085595	19q13.11	TGTC
rs145191158	3p14.3	TTTG	rs76158822	9p21.3	TTAAG
rs10626599	15q26.2	TGTGC	rs67487831	1q43	TCAA
rs112879447	6p21.33	TATAAC	rs66595817	5q22.3	CTTTC
rs10607699	1p31.3	CCT	rs35065898	13q33.1	ACTT
rs35309403	4q26	ACTG	rs76041101	Yq11.221	AGT
rs145577149	4p12	AAAT	rs199815934	Yq11.221	CTTCT
rs113011930	2p16.1	TTCT	rs34529638	19q13.2	CCT
rs35453727	13q12.2	AGA	rs67264216	12q24.33	TGTCG
rs5897566	9p13.3	TAAC	rs3067397	1p31.3	AGATA
rs1160980	5q23.3	GAT	rs11277697	2p25.3	TTAGG
rs77206391	18q12.1	ACAA	rs72031009	17q22	TAGAG
rs35464887	9p21.3	TTTA	rs33971783	19p13.12	TGTT
rs67100350	11p15.1	TAGT	rs146875868	2q37.2	TCTT
rs538690481	21q22.11	TCTGAA	rs34419736	15q13.1	AAG
rs67939200	12q12	TCA	rs77635204	15q14	AGAA
rs66739142	15q23	TCTTT	rs561160795	14q23.3	TGG
rs3217112	7p14.2	TAATA

注：p为染色体短臂，q为染色体长臂。

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2.2 Hardy-Weinberg平衡检验

经Hardy-Weinberg平衡检验，57个A-InDel位点中，除rs5787309、rs10590825、rs1160980、rs33971783和rs561160795外，其余52个位点均符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。采用Bonferroni法进行校正，57个A-InDel位点的P值均大于0.000 88（0.05/57），表明所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡。

2.3 连锁不平衡检验

57个A-InDel位点两两之间共进行了1 596次连锁不平衡检验，其中87次比较结果的P值为0.000 947~0.049 932，且该87对两两比较的位点均位于不同的染色体上。经过Bonferroni法校正，各位点间均不存在连锁不平衡现象［P值均大于0.000 031（0.05/1 596）］。

2.4 等位基因频率及群体遗传学参数

57个A-InDel位点的等位基因频率及群体遗传学参数见表3。F_del值为0.272 5~0.760 0，F_ins值为0.240 0~0.727 5；Ho值为0.370 0~0.585 0，He值为0.365 7~0.501 2，PIC值为0.298 3~0.375 0，DP值为0.529 5~0.659 0，PE_trio值为0.234 9~0.281 2，PE_duo值为0.066 5~0.125 0。由于57个A-InDel位点间处于连锁平衡状态，故可采用乘积定律计算其CDP和CPE。57个A-InDel位点在北川羌族人群中的CDP值为1-2.974 8×10^-24，CPE_trio值为0.999 999 999，CPE_duo值为0.999 062 660。

表3 北川羌族人群57个A-InDel位点的等位基因频率及群体遗传学参数

Tab. 3 Allele frequencies and population genetic parameters of 57 A-InDels in Beichuan Qiang population

位点	F_del	F_ins	DP	Ho	He	PIC	PE_duo	PE_trio	F_st
rs34421865	0.452 5	0.547 5	0.632 1	0.475 0	0.496 7	0.372 7	0.122 8	0.279 8	0.062 3
rs3076465	0.432 5	0.567 5	0.602 5	0.525 0	0.492 1	0.370 4	0.120 5	0.278 4	0.111 7
rs34287950	0.580 0	0.420 0	0.625 9	0.470 0	0.488 4	0.368 5	0.118 7	0.277 2	0.216 2
rs151335218	0.515 0	0.485 0	0.638 2	0.470 0	0.500 8	0.374 8	0.124 8	0.281 1	0.038 8
rs5787309	0.517 5	0.482 5	0.571 1	0.585 0	0.500 6	0.374 7	0.124 7	0.281 1	0.094 2
rs67405073	0.577 5	0.422 5	0.587 5	0.545 0	0.489 2	0.368 9	0.119 1	0.277 5	0.092 7
rs60867863	0.507 5	0.492 5	0.627 4	0.495 0	0.501 1	0.374 9	0.124 9	0.281 2	0.236 1
rs71852971	0.695 0	0.305 0	0.581 8	0.410 0	0.425 0	0.334 1	0.089 9	0.256 4	0.210 7
rs769299	0.385 0	0.615 0	0.616 2	0.460 0	0.474 7	0.361 4	0.112 1	0.272 9	0.040 0
rs10590825	0.497 5	0.502 5	0.659 0	0.405 0	0.501 2	0.375 0	0.125 0	0.281 2	0.018 1
rs79225518	0.540 0	0.460 0	0.643 1	0.450 0	0.498 0	0.373 4	0.123 4	0.280 2	0.164 1
rs140683187	0.635 0	0.365 0	0.602 2	0.470 0	0.464 7	0.356 1	0.107 4	0.269 7	0.025 7
rs57981446	0.520 0	0.480 0	0.613 6	0.520 0	0.500 5	0.374 6	0.124 6	0.281 0	0.196 4
rs145191158	0.512 5	0.487 5	0.622 2	0.505 0	0.500 9	0.374 8	0.124 8	0.281 2	0.192 4
rs10626599	0.570 0	0.430 0	0.624 6	0.480 0	0.491 4	0.370 1	0.120 1	0.278 2	0.007 8
rs112879447	0.512 5	0.487 5	0.585 9	0.565 0	0.500 9	0.374 8	0.124 8	0.281 2	0.010 7
rs10607699	0.320 0	0.680 0	0.587 9	0.430 0	0.436 3	0.340 5	0.094 7	0.260 3	0.009 9
rs35309403	0.385 0	0.615 0	0.612 2	0.470 0	0.474 7	0.361 4	0.112 1	0.272 9	0.082 0
rs145577149	0.622 5	0.377 5	0.610 7	0.465 0	0.471 2	0.359 5	0.110 4	0.271 7	0.059 6
rs113011930	0.485 0	0.515 0	0.608 2	0.530 0	0.500 8	0.374 8	0.124 8	0.281 1	0.250 3
rs35453727	0.562 5	0.437 5	0.624 4	0.485 0	0.493 4	0.371 1	0.121 1	0.278 8	0.127 8
rs5897566	0.325 0	0.675 0	0.591 4	0.430 0	0.439 8	0.342 5	0.096 3	0.261 5	0.182 2
rs1160980	0.587 5	0.412 5	0.643 7	0.405 0	0.485 9	0.367 2	0.117 5	0.276 4	0.042 8
rs77206391	0.502 5	0.497 5	0.617 2	0.515 0	0.501 2	0.375 0	0.125 0	0.281 2	0.184 5
rs35464887	0.560 0	0.440 0	0.582 4	0.560 0	0.494 0	0.371 4	0.121 4	0.279 0	0.034 7
rs67100350	0.395 0	0.605 0	0.616 6	0.470 0	0.479 1	0.363 7	0.114 2	0.274 3	0.137 9
rs538690481	0.635 0	0.365 0	0.609 8	0.450 0	0.464 7	0.356 1	0.107 4	0.269 7	0.150 5
rs67939200	0.565 0	0.435 0	0.644 2	0.430 0	0.492 8	0.370 7	0.120 8	0.278 6	0.056 3
rs66739142	0.460 0	0.540 0	0.593 1	0.550 0	0.498 0	0.373 4	0.123 4	0.280 2	0.117 7
rs3217112	0.417 5	0.582 5	0.623 0	0.475 0	0.487 6	0.368 1	0.118 3	0.277 0	0.065 3
rs59841142	0.492 5	0.507 5	0.636 5	0.475 0	0.501 1	0.374 9	0.124 9	0.281 2	0.171 3
rs145010051	0.530 0	0.470 0	0.628 1	0.490 0	0.499 4	0.374 1	0.124 1	0.280 7	0.430 2
rs66477007	0.332 5	0.667 5	0.595 1	0.435 0	0.445 0	0.345 4	0.098 5	0.263 2	0.203 0
rs142221201	0.370 0	0.630 0	0.574 9	0.530 0	0.467 4	0.357 5	0.108 7	0.270 5	0.058 0
rs67426579	0.482 5	0.517 5	0.631 6	0.485 0	0.500 6	0.374 7	0.124 7	0.281 1	0.158 2
rs145941537	0.332 5	0.667 5	0.602 9	0.405 0	0.445 0	0.345 4	0.098 5	0.263 2	0.038 0
rs67365630	0.485 0	0.515 0	0.608 2	0.530 0	0.500 8	0.374 8	0.124 8	0.281 1	0.072 3
rs3064355	0.585 0	0.415 0	0.635 2	0.440 0	0.486 8	0.367 7	0.117 9	0.276 7	0.004 2
rs60564093	0.387 5	0.612 5	0.615 4	0.465 0	0.475 9	0.362 0	0.112 7	0.273 2	0.018 5

（n=200）

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2.5 北川羌族人群与其他人群基于57个A-InDel位点的群体遗传学比较

应用本研究获得的北川羌族人群和数据库所得26个人群57个A-InDel位点的数据，计算得到F_st值（表3）、F_st遗传距离（图1）和Nei’s遗传距离（表4）。rs151335218、rs769299和rs140683187等22个InDel位点的F_st值小于0.06，其余35个InDel位点的F_st值均大于0.06。Nei’s遗传距离和F_st遗传距离均显示北川羌族人群与北京汉族和南方汉族人群遗传距离最近，与冈比亚西部人群遗传距离最远。

图1

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图1 27个人群的F_st遗传距离

人群的缩写参表1。

Fig. 1 F_st genetic distances of 27 populations

表4 27个人群的Nei’s遗传距离

Tab. 4 Nei’s genetic distance of 27 populations

人群	Qiang	CDX	CHB	CHS	JPT	KHV	BEB	GIH	ITU	PTL	STU	ACB	ASW	ESN	GWD	LWK	MSL	YRI	CLM	MXL	PEL	PUR	CEU	FIN	GBR	IBS	TSI
Qiang	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
CDX	0.011	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
CHB	0.004	0.011	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
CHS	0.005	0.008	0.005	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
JPT	0.009	0.015	0.008	0.010	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
KHV	0.010	0.006	0.011	0.007	0.016	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
BEB	0.067	0.071	0.064	0.066	0.076	0.067	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
GIH	0.080	0.084	0.077	0.081	0.092	0.080	0.009	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
ITU	0.069	0.075	0.068	0.071	0.082	0.068	0.007	0.008	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
PTL	0.079	0.080	0.076	0.080	0.088	0.077	0.009	0.005	0.006	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
STU	0.070	0.072	0.070	0.070	0.081	0.066	0.009	0.009	0.005	0.008	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
ACB	0.177	0.179	0.174	0.176	0.179	0.175	0.097	0.091	0.113	0.103	0.114	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
ASW	0.161	0.164	0.158	0.161	0.166	0.158	0.082	0.074	0.095	0.086	0.095	0.005	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
ESN	0.191	0.194	0.189	0.191	0.195	0.190	0.117	0.109	0.135	0.124	0.136	0.003	0.008	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
GWD	0.195	0.197	0.193	0.193	0.197	0.191	0.127	0.116	0.144	0.134	0.142	0.018	0.019	0.015	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
LWK	0.185	0.184	0.184	0.185	0.188	0.182	0.111	0.102	0.126	0.118	0.125	0.005	0.007	0.005	0.017	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
MSL	0.186	0.189	0.186	0.187	0.192	0.183	0.116	0.110	0.133	0.125	0.132	0.005	0.008	0.005	0.014	0.005		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
YRI	0.194	0.195	0.191	0.193	0.193	0.192	0.115	0.108	0.133	0.124	0.134	0.003	0.008	0.003	0.015	0.004	0.005	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
CLM	0.092	0.095	0.086	0.093	0.100	0.091	0.023	0.019	0.027	0.021	0.029	0.066	0.052	0.082	0.095	0.078	0.084	0.082	-	-	-	-	-	-	-	-	-
MXL	0.075	0.072	0.066	0.073	0.076	0.067	0.030	0.031	0.034	0.028	0.035	0.105	0.089	0.121	0.133	0.116	0.124	0.123	0.017	-	-	-	-	-	-	-	-
PEL	0.072	0.070	0.065	0.073	0.070	0.066	0.068	0.078	0.071	0.069	0.071	0.159	0.144	0.175	0.184	0.170	0.177	0.178	0.047	0.021	-	-	-	-	-	-	-
PUR	0.108	0.109	0.102	0.107	0.116	0.104	0.023	0.016	0.025	0.017	0.028	0.064	0.050	0.080	0.095	0.075	0.083	0.081	0.009	0.024	0.070	-	-	-	-	-	-
CEU	0.134	0.138	0.125	0.134	0.145	0.128	0.034	0.024	0.036	0.024	0.038	0.087	0.069	0.105	0.120	0.102	0.108	0.107	0.019	0.039	0.096	0.010	-	-	-	-	-
FIN	0.131	0.134	0.121	0.130	0.137	0.127	0.038	0.029	0.040	0.026	0.042	0.084	0.069	0.103	0.120	0.098	0.105	0.102	0.022	0.042	0.095	0.014	0.010	-	-	-	-
GBR	0.137	0.140	0.127	0.138	0.149	0.134	0.033	0.022	0.034	0.022	0.037	0.091	0.073	0.111	0.127	0.106	0.113	0.112	0.019	0.043	0.102	0.012	0.004	0.009	-	-	-
IBS	0.129	0.133	0.122	0.130	0.142	0.127	0.029	0.019	0.030	0.020	0.035	0.081	0.064	0.098	0.116	0.096	0.103	0.100	0.015	0.037	0.094	0.008	0.005	0.011	0.004	-	-
TSI	0.136	0.138	0.128	0.135	0.146	0.131	0.033	0.022	0.034	0.022	0.037	0.083	0.068	0.103	0.119	0.100	0.105	0.103	0.020	0.042	0.101	0.010	0.005	0.012	0.006	0.005	-

注：人群的缩写参表1；“-”表示无数据。

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根据Nei’s遗传距离和F_st遗传距离，采用NJ法构建27个人群间的系统发育树。基于Nei’s遗传距离的系统发育树（图2A）显示，整个系统发育树主要分为4个分支，北川羌族人群与东亚人群位于同一分支。基于F_st遗传距离的系统发育树（图2B）群体分布格局与基于Nei’s遗传距离的系统发育树相似。

图2

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图2 27个人群间的系统发育树

A：基于Nei’s遗传距离；B；基于F_st遗传距离。人群的缩写参表1。

Fig. 2 Phylogenetic trees of 27 populations

3 讨论

羌族是我国少数民族之一，根据第六次全国人口普查结果，羌族的总人口数为309 576人^[3]，主要居住在四川省阿坝藏族羌族自治州的茂县、汶川、理县和北川羌族自治县^[4]。羌族的民族语言是羌语，属于汉藏语系中藏缅语族的羌族分支。目前已有学者^[5-7]对羌族线粒体DNA、SNP和STR等遗传标记的多态性进行了研究，本研究对200例羌族健康无关个体57个A-InDel位点的遗传多态性进行调查分析，为InDel遗传标记的法医学应用提供了基础数据。

本研究结果显示，经Bonferroni法校正后，57个A-InDel位点均符合Hardy-Weinberg平衡，因此，本研究样本资料可靠。连锁不平衡检验结果显示，57个A-InDel位点在北川羌族人群中不存在连锁不平衡现象（P>0.000 031），提示这些位点是相互独立的遗传标记，可用于法医学鉴定。北川羌族人群57个A-InDel位点中，除rs66595817、rs72085595外，其余55个位点的等位基因频率均在0.3~0.7范围内，表明这57个A-InDel位点在北川羌族人群中的等位基因分布较均衡。由表3可见，F_ins、DP、PIC、Ho、He、PE_duo、PE_trio的最小值均在rs72085595出现，该位点在已报道的藏族^[8]、成都汉族^[8]、摩梭人^[8]、黑龙江汉族^[9]、上海汉族^[9]等人群中的F_ins、H及PIC也较低，提示该位点在亚洲人群中的遗传多态性可能较低。57个A-InDel位点在北川羌族人群中的CDP值为1-2.974 8×10^-24，高于0.999 999 999 999 99，可以应用于法医学个体识别；而CPE_trio值为0.999 999 999，CPE_duo值为0.999 062 660（小于0.999 9），提示其可以应用于三联体亲子鉴定，单独应用不能满足二联体亲子鉴定要求，但可作为常规STR检测试剂盒的补充和验证。

F_st反映了特定基因座在群体间分布的差异程度，F_st值越小，说明差异程度越小^[10]。有学者^[11]认为，F_st值小于0.06可保证所选择的位点适用于不同群体，从而得到稳定的个体识别能力。本研究中rs151335218、rs769299、rs140683187等22个A-InDel位点的F_st值小于0.06，提示该22个A-InDel位点在27个人群间差异很小，可适用于不同群体。另外，rs34421865、rs3076465、rs34287950等35个A-InDel位点的F_st值大于0.06，说明这35个位点在27个人群间基因频率差异较大，在群体遗传学和种群识别方面有重要的应用价值^[10]。

遗传距离是用于评估群体间遗传差异或遗传分化的重要参数。本研究中北川羌族人群与北京汉族和南方汉族人群遗传距离最近，与非洲人群遗传距离较远，其中与冈比亚西部人群遗传距离最远，提示遗传距离和实际地域的物理距离区分度基本相似。此外，基于Nei’s遗传距离构建的系统发育树（图2A）显示有4个主要分支（东亚分支、南亚分支、欧洲分支和非洲分支），提示群体所处地理位置与遗传距离密切相关；美洲人群分散在东亚和非洲的分支，可能是因为二战前亚洲及非洲人口迁移至美洲所致^[12]。就研究人群而言，北川羌族人群属于东亚分支，与南方汉族和日本人群首先聚类，该结果与王敬方等^[6]对四川羌族SNP多态性进行分析得到的结论类似。为了进一步验证27个人群之间的遗传结构，本研究使用基因型数据计算F_st遗传距离并构建了系统发育树（图2B）。基于F_st遗传距离构建的系统发育树群体分布格局与基于Nei’s遗传距离构建的系统发育树相似，但北川羌族与北京汉族人群的遗传关系更为密切。由此可以看出，基于基因频率的Nei’s遗传距离的分析结果与基于基因型的F_st遗传距离的分析结果基本一致，提示这57个A-InDel位点在一定程度上可以用于生物地理祖先推断。

本研究获得了57个A-InDel位点在四川省北川羌族人群中的等位基因频率及遗传学参数，为法医学应用研究提供了基础数据。

续表3

Continued Tab. 3

位点	F_del	F_ins	DP	Ho	He	PIC	PE_duo	PE_trio	F_st
rs34076006	0.462 5	0.537 5	0.633 8	0.475 0	0.498 4	0.373 6	0.123 6	0.280 4	0.187 7
rs3834231	0.345 0	0.655 0	0.594 6	0.460 0	0.453 1	0.349 8	0.102 1	0.265 9	0.007 0
rs61490765	0.392 5	0.607 5	0.617 6	0.465 0	0.478 1	0.363 2	0.113 7	0.274 0	0.019 9
rs72085595	0.760 0	0.240 0	0.529 5	0.370 0	0.365 7	0.298 3	0.066 5	0.234 9	0.272 1
rs76158822	0.477 5	0.522 5	0.631 2	0.485 0	0.500 2	0.374 5	0.124 5	0.280 9	0.228 6
rs67487831	0.385 0	0.615 0	0.603 4	0.490 0	0.474 7	0.361 4	0.112 1	0.272 9	0.071 7
rs66595817	0.272 5	0.727 5	0.550 6	0.425 0	0.397 5	0.317 9	0.078 6	0.246 7	0.101 5
rs35065898	0.495 0	0.505 0	0.638 6	0.470 0	0.501 2	0.375 0	0.125 0	0.281 2	0.054 1
rs34529638	0.370 0	0.630 0	0.612 5	0.450 0	0.467 4	0.357 5	0.108 7	0.270 5	0.029 5
rs67264216	0.607 5	0.392 5	0.613 5	0.475 0	0.478 1	0.363 2	0.113 7	0.274 0	0.023 3
rs3067397	0.647 5	0.352 5	0.610 6	0.425 0	0.457 6	0.352 3	0.104 2	0.267 4	0.187 7
rs11277697	0.617 5	0.382 5	0.594 9	0.505 0	0.473 6	0.360 8	0.111 6	0.272 5	0.039 7
rs72031009	0.465 0	0.535 0	0.643 8	0.450 0	0.498 8	0.373 8	0.123 8	0.280 5	0.263 8
rs33971783	0.577 5	0.422 5	0.650 7	0.385 0	0.489 2	0.368 9	0.119 1	0.277 5	0.009 6
rs146875868	0.485 0	0.515 0	0.595 8	0.550 0	0.500 8	0.374 8	0.124 8	0.281 1	0.214 2
rs34419736	0.630 0	0.370 0	0.600 6	0.480 0	0.467 4	0.357 5	0.108 7	0.270 5	0.104 6
rs77635204	0.545 0	0.455 0	0.615 8	0.510 0	0.497 2	0.373 0	0.123 0	0.280 0	0.231 3
rs561160795	0.517 5	0.482 5	0.658 4	0.405 0	0.500 6	0.374 7	0.124 7	0.281 1	0.164 6

注：F_del为缺失等位基因的频率，F_ins为插入等位基因的频率，F_st为位点在27个人群间的遗传分化系数。

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参考文献

原文顺序

文献年度倒序

文中引用次数倒序

被引期刊影响因子

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盛翔，包云，张家硕，等.

InDel遗传标记在法医学领域的研究进展

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