Analysis of Genetic Polymorphism and Population Genetic Structure of 57 Autosomal InDel Loci in Beichuan Qiang Population

doi:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.511102

Abstract

Abstract:

Objective To investigate the genetic information of 57 autosomal InDel loci （A-InDels） included in AGCU InDel 60 fluorescence detection kit in the Beichuan Qiang population of Sichuan Province and evaluate its application value in forensic medicine. Methods A total of 200 unrelated healthy individuals from Beichuan Qiang population of Sichuan Province were typing detected by AGCU InDel 60 fluorescence detection kit. Allele frequencies and population genetic parameters of the 57 A-InDels were statistically analyzed and compared with the available data of 26 populations. Results After Bonferroni correction, there was no linkage disequilibrium between the 57 A-InDels, and all loci were in Hardy-Weinberg equilibrium. Except for rs66595817 and rs72085595, the minor allele frequencies of 55 A-InDels were above 0.3. PIC ranged from 0.298 3 to 0.375 0, CDP was 1-2.974 8×10^-24, CPE_duo was 0.999 062 660, and CPE_trio was 0.999 999 999. The calculation of the genetic distance showed that Beichuan Qiang population had the closest genetic distances with Beijing Han and South China Han populations, but far away from African populations. Conclusion The 57 A-InDels in AGCU InDel 60 fluorescence detection kit have a good genetic polymorphism in Beichuan Qiang population of Sichuan Province, which can be used as effective supplemental for individual identification and paternity identification in forensic medicine.

Key words: forensic genetics, genetic polymorphism, insertion/deletion （InDel）, autosome, genetic distance, Qiang ethnic group, Beichuan

CLC Number:

DF795.2

Chun-yue JIANG, Hao MA, Qing-wei FAN, Hui-ling YANG, Dong-dong XU, Yun WANG, Bing DU. Analysis of Genetic Polymorphism and Population Genetic Structure of 57 Autosomal InDel Loci in Beichuan Qiang Population[J]. Journal of Forensic Medicine, 2022, 38(6): 739-746.

Figures/Tables 7

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人群	缩写	样本量/例	所属地区	人群	缩写	样本量/例	所属地区
西双版纳傣族	CDX	94	东亚	冈比亚西部人	GWD	113	非洲
北京汉族	CHB	103	东亚	肯尼亚卢希亚人	LWK	99	非洲
南方汉族	CHS	105	东亚	塞拉利昂曼迪人	MSL	85	非洲
东京日本人	JPT	104	东亚	尼日利亚约鲁巴人	YRI	108	非洲
越南京族人	KHV	99	东亚	麦德林哥伦比亚人	CLM	94	美洲
孟加拉人	BEB	86	南亚	洛杉矶墨西哥人	MXL	63	美洲
休斯敦古吉拉特人	GIH	103	南亚	秘鲁利马人	PEL	85	美洲
英国泰卢固族人	ITU	102	南亚	波多黎各人	PUR	104	美洲
巴基斯坦拉合尔旁遮普人	PTL	96	南亚	犹他州北欧和西欧人	CEU	99	欧洲
美国斯里兰卡泰米尔人	STU	102	南亚	芬兰人	FIN	99	欧洲
巴巴多斯人	ACB	96	非洲	英国人	GBR	91	欧洲
非洲裔美国人	ASW	61	非洲	西班牙伊比利亚人	IBS	107	欧洲
尼日利亚埃桑人	ESN	99	非洲	意大利托斯卡纳人	TSI	107	欧洲

人群	缩写	样本量/例	所属地区	人群	缩写	样本量/例	所属地区
西双版纳傣族	CDX	94	东亚	冈比亚西部人	GWD	113	非洲
北京汉族	CHB	103	东亚	肯尼亚卢希亚人	LWK	99	非洲
南方汉族	CHS	105	东亚	塞拉利昂曼迪人	MSL	85	非洲
东京日本人	JPT	104	东亚	尼日利亚约鲁巴人	YRI	108	非洲
越南京族人	KHV	99	东亚	麦德林哥伦比亚人	CLM	94	美洲
孟加拉人	BEB	86	南亚	洛杉矶墨西哥人	MXL	63	美洲
休斯敦古吉拉特人	GIH	103	南亚	秘鲁利马人	PEL	85	美洲
英国泰卢固族人	ITU	102	南亚	波多黎各人	PUR	104	美洲
巴基斯坦拉合尔旁遮普人	PTL	96	南亚	犹他州北欧和西欧人	CEU	99	欧洲
美国斯里兰卡泰米尔人	STU	102	南亚	芬兰人	FIN	99	欧洲
巴巴多斯人	ACB	96	非洲	英国人	GBR	91	欧洲
非洲裔美国人	ASW	61	非洲	西班牙伊比利亚人	IBS	107	欧洲
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位点	染色体定位	InDel序列	位点	染色体定位	InDel序列
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rs538690481	21q22.11	TCTGAA	rs34419736	15q13.1	AAG
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rs5897566	0.325 0	0.675 0	0.591 4	0.430 0	0.439 8	0.342 5	0.096 3	0.261 5	0.182 2
rs1160980	0.587 5	0.412 5	0.643 7	0.405 0	0.485 9	0.367 2	0.117 5	0.276 4	0.042 8
rs77206391	0.502 5	0.497 5	0.617 2	0.515 0	0.501 2	0.375 0	0.125 0	0.281 2	0.184 5
rs35464887	0.560 0	0.440 0	0.582 4	0.560 0	0.494 0	0.371 4	0.121 4	0.279 0	0.034 7
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rs538690481	0.635 0	0.365 0	0.609 8	0.450 0	0.464 7	0.356 1	0.107 4	0.269 7	0.150 5
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rs3217112	0.417 5	0.582 5	0.623 0	0.475 0	0.487 6	0.368 1	0.118 3	0.277 0	0.065 3
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