Genetic Polymorphism of 16 X-STR Loci in Xinjiang Uygur Population

doi:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.511103

Abstract

Abstract:

Objective To study the genetic polymorphism and population genetic parameters of 16 X-STR loci in Xinjiang Uygur population. Methods The Goldeneye^? DNA identification system 17X was used to amplify 16 X-STR loci in 502 unrelated individuals （251 females and 251 males）. The amplified products were detected by 3130xl genetic analyzer. Allele frequencies and population genetic parameters were analyzed statistically. The genetic distances between Uygur and other 8 populations were calculated. Multidimensional scaling and phylogenetic tree were constructed based on genetic distance. Results In the 16 X-STR loci, a total of 67 alleles were detected in 502 Xinjiang Uygur unrelated individuals. The allele frequencies ranged from 0.001 3 to 0.572 4. PIC ranged from 0.568 8 to 0.855 3. The cumulative discrimination power in females and males were 0.999 999 999 999 999 and 0.999 999 999 743 071, respectively. The cumulative mean paternity exclusion chance in trios and in duos were 0.999 999 997 791 859 and 0.999 998 989 000 730, respectively. The genetic distance between Uygur population and Kazakh population was closer, and the genetic distance between Uygur and Han population was farther. Conclusion The 16 X-STR loci are highly polymorphic and suitable for identification in Uygur population, which can provide a powerful supplement for the study of individual identification, paternity identification and population genetics.

Key words: forensic genetics, polymorphism, genetic, X chromosome, short tandem repeat （STR）, genetic distance, phylogenetic tree, Uygur, Xinjiang

CLC Number:

DF795.2

Chun-yan YUAN, Ruo-cheng XIA, Su-hua ZHANG, Li-qin CHEN, Ya-li WANG, Yi-ling QU, Guang-yuan YANG, Xin-yu DONG, Si-yu CHAI, Cheng-tao LI, Rui-yang TAO. Genetic Polymorphism of 16 X-STR Loci in Xinjiang Uygur Population[J]. Journal of Forensic Medicine, 2022, 38(4): 500-506.

Figures/Tables 5

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DXS6795		DXS9902		DXS7132		DXS10134		GATA172D05
等位基因	频率	等位基因	频率	等位基因	频率	等位基因	频率	等位基因	频率
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11	0.358 6	10	0.405 0	13	0.273 6	32	0.013 3	8	0.147 4
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16	0.002 7	12	0.175 3	DXS6807		34.1	0.002 7	13	0.001 3
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HPRTB		12	0.019 9	17	0.001 3	37.1	0.001 3	27	0.128 8
等位基因	频率	13	0.098 3	DXS6800		37.2	0.002 7	28	0.034 5
8.3	0.001 3	14	0.148 7	等位基因	频率	37.3	0.025 2	29	0.008 0
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11	0.077 0	16	0.347 9	16	0.572 4	38.1	0.004 0	DXS6789
12	0.289 5	17	0.104 9	17	0.030 5	38.3	0.017 3	等位基因	频率
13	0.381 1	18	0.010 6	18	0.083 7	39	0.035 9	13	0.004 0
14	0.188 6	19	0.008 0	19	0.170 0	39.3	0.010 6	14	0.005 3
15	0.057 1	DXS6803		20	0.012 0	40	0.002 7	15	0.096 9
16	0.001 3	等位基因	频率	21	0.077 0	40.3	0.017 3	16	0.128 8
17	0.001 3	9	0.002 7	22	0.050 5	41	0.001 3	17	0.021 2
		10	0.010 6	23	0.002 7	41.3	0.015 9	18	0.002 7
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基因座	PIC	Ho	He	DP_F	DP_M	PE_trio	PE_duo
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DXS9902	0.609 4	0.328 2	0.671 8	0.829 9	0.671 8	0.609 4	0.463 6
DXS8378	0.606 5	0.331 2	0.668 8	0.828 0	0.668 8	0.606 5	0.459 9
HPRTB	0.680 1	0.274 2	0.725 8	0.879 1	0.725 8	0.680 1	0.538 7
GATA165B12	0.595 1	0.341 4	0.658 6	0.820 0	0.658 6	0.595 1	0.447 4
DXS7132	0.690 3	0.264 8	0.735 2	0.885 0	0.735 2	0.690 3	0.549 9
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DXS6803	0.764 4	0.207 3	0.792 7	0.928 8	0.792 7	0.764 4	0.637 9
GATA172D05	0.720 3	0.247 8	0.752 2	0.906 7	0.752 2	0.720 3	0.584 7
DXS6800	0.596 2	0.372 8	0.627 2	0.830 0	0.627 2	0.596 2	0.447 7
DXS10134	0.855 3	0.131 5	0.868 5	0.969 5	0.868 5	0.855 3	0.759 4
GATA31E08	0.735 2	0.228 1	0.771 9	0.911 2	0.771 9	0.735 2	0.601 6
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DXS6810	0.568 8	0.368 0	0.632 0	0.801 3	0.632 0	0.568 8	0.420 6

基因座	PIC	Ho	He	DP_F	DP_M	PE_trio	PE_duo
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GATA165B12	0.595 1	0.341 4	0.658 6	0.820 0	0.658 6	0.595 1	0.447 4
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DXS10134	0.855 3	0.131 5	0.868 5	0.969 5	0.868 5	0.855 3	0.759 4
GATA31E08	0.735 2	0.228 1	0.771 9	0.911 2	0.771 9	0.735 2	0.601 6
DXS10159	0.765 9	0.203 9	0.796 1	0.928 2	0.796 1	0.765 9	0.639 4
DXS6789	0.787 7	0.188 5	0.811 5	0.940 7	0.811 5	0.787 7	0.667 8
DXS6810	0.568 8	0.368 0	0.632 0	0.801 3	0.632 0	0.568 8	0.420 6

人群	新疆维吾尔族	西藏藏族	内蒙古蒙古族	新疆哈萨克族	浙江畲族	云南白族	云南苗族	上海汉族	河南汉族
新疆维吾尔族	-	-	-	-	-	-	-	-	-
西藏藏族	0.029 4	-	-	-	-	-	-	-	-
内蒙古蒙古族	0.034 8	0.025 3	-	-	-	-	-	-	-
新疆哈萨克族	0.017 6	0.032 0	0.028 4	-	-	-	-	-	-
浙江畲族	0.065 0	0.056 5	0.058 1	0.065 3	-	-	-	-	-
云南白族	0.031 3	0.015 0	0.023 2	0.027 5	0.048 7	-	-	-	-
云南苗族	0.033 2	0.014 0	0.019 9	0.043 9	0.043 9	0.013 4	-	-	-
上海汉族	0.071 4	0.073 7	0.087 5	0.085 4	0.083 7	0.070 6	0.041 5	-	-
河南汉族	0.071 1	0.059 5	0.049 5	0.058 5	0.072 8	0.052 4	0.114 5	0.000 4	-