应用SNaPshot技术检测精液特异性cSNP遗传标记

doi:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.510804

法医学杂志 ›› 2023, Vol. 39 ›› Issue (5): 465-470.DOI: 10.12116/j.issn.1004-5619.2021.510804

应用SNaPshot技术检测精液特异性cSNP遗传标记

陶瑞旸¹(), 王守宇²(), 袁春艳³, 夏若成¹, 李成涛¹()

^1.司法鉴定科学研究院上海市法医学重点实验室司法部司法鉴定重点实验室上海市司法鉴定专业技术服务平台，上海 200063
^2.复旦大学基础医学院法医学系，上海 200032
^3.内蒙古医科大学法医学教研室，内蒙古呼和浩特 010030

收稿日期:2021-08-31 发布日期:2023-11-24 出版日期:2023-10-25
通讯作者: 李成涛
作者简介:李成涛，男，研究员，博士研究生导师，主要从事法医遗传学研究；E-mail：lichengtaohla@163.com
陶瑞旸（1989—），女，博士，助理研究员，主要从事法医遗传学研究；E-mail：taoruiyang163@163.com
王守宇（1991—），男，博士，博士后，主要从事法医遗传学研究；E-mail：shouyu_wang@163.com第一联系人：陶瑞旸和王守宇为共同第一作者
基金资助:
国家自然科学基金资助项目(82202080);中青年科技创新领军人才资助项目(2018RA2102);上海市法医学重点实验室资助项目(21DZ2270800);司法部司法鉴定重点实验室资助项目;上海市司法鉴定专业技术服务平台资助项目

Application of SNaPshot Technology in Semen-Specific cSNP Genetic Marker

Rui-yang TAO¹(), Shou-yu WANG²(), Chun-yan YUAN³, Ruo-cheng XIA¹, Cheng-tao LI¹()

^1.Shanghai Key Laboratory of Forensic Medicine, Key Laboratory of Forensic Science, Ministry of Justice, Shanghai Forensic Service Platform, Academy of Forensic Science, Shanghai 200063, China
^2.Department of Forensic Medicine, School of Basic Medical Sciences, Fudan University, Shanghai 200032, China
^3.Department of Forensic Medicine, Inner Mongolia Medical University, Hohhot 010110, China

Received:2021-08-31 Online:2023-11-24 Published:2023-10-25
Contact: Cheng-tao LI

1. 附表1.pdf(204KB)

摘要/Abstract

摘要：

目的探讨基于SNaPshot技术的精液特异性编码区单核苷酸多态性（coding region single nucleotide polymorphism，cSNP）遗传标记检测在精液（斑）溯源及混合体液（斑）鉴定中的可行性。方法制备16例精液斑和11例精液-静脉血混合斑样本，提取其基因组DNA（genomic DNA，gDNA）和总RNA，并将总RNA逆转录为互补DNA（complementary DNA，cDNA）。在已验证的精液特异性mRNA编码基因上筛选cSNP遗传标记。基于SNaPshot技术构建cSNP复合检测体系并通过CE对样本进行基因分型。结果成功构建了包含5个精液特异性cSNP的复合检测体系。在16例精液样本中，除了位于TGM4基因上的cSNP在cDNA的检测结果中出现等位基因丢失外，其余cSNP的gDNA和cDNA分型结果高度一致。检测精液-静脉血混合斑时，检出的cSNP分型结果均与精液提供者的基因型一致，未受到静脉血提供者基因型的干扰。结论应用SNaPshot技术检测精液特异性cSNP的方法可以应用于法医学精液（斑）的基因分型，并为混合体液（斑）中精液来源个体的判定提供信息。

关键词: 法医遗传学, 体液鉴定, 混合斑鉴定, 编码区单核苷酸多态性, SNapShot技术, 精液

Abstract:

Objective To explore the feasibility of genetic marker detection of semen-specific coding region single nucleotide polymorphism （cSNP） based on SNaPshot technology in semen stains and mixed body fluid identification. Methods Genomic DNA （gDNA） and total RNA were extracted from 16 semen stains and 11 mixtures composed of semen and venous blood, and the total RNA was reverse transcribed into complementary DNA （cDNA）. The cSNP genetic markers were screened on the validated semen-specific mRNA coding genes. The cSNP multiplex detection system based on SNaPshot technology was established, and samples were genotyped by capillary electrophoresis （CE）. Results A multiplex detection system containing 5 semen-specific cSNPs was successfully established. In 16 semen samples, except the cSNP located in the TGM4 gene showed allele loss in cDNA detection results, the gDNA and cDNA typing results of other cSNPs were highly consistent. When detecting semen-venous blood mixtures, the results of cSNP typing detected were consistent with the genotype of semen donor and were not interfered by the genotype of venous blood donor. Conclusion The method of semen-specific cSNPs detection by SNaPshot technology method can be applied to the genotyping of semen （stains） and provide information for determining the origin of semen in mixed body fluids （stains）.

Key words: forensic genetics, body fluids identification, mixture analysis, coding region single nucleotide polymorphism, SNaPshot method, semen

中图分类号:

陶瑞旸, 王守宇, 袁春艳, 夏若成, 李成涛. 应用SNaPshot技术检测精液特异性cSNP遗传标记[J]. 法医学杂志, 2023, 39(5): 465-470.

Rui-yang TAO, Shou-yu WANG, Chun-yan YUAN, Ruo-cheng XIA, Cheng-tao LI. Application of SNaPshot Technology in Semen-Specific cSNP Genetic Marker[J]. Journal of Forensic Medicine, 2023, 39(5): 465-470.

图/表 4

参考文献 20

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混合斑样本编号	精液		静脉血		V_精液∶V_静脉血
混合斑样本编号	供体	体积/μL	供体	体积/μL	V_精液∶V_静脉血
A1	M01	25	M06	75	1∶3
A2	M01	10	M06	90	1∶9
A3	M01	2	M06	98	1∶49
B1	M03	10	M01	90	1∶9
B2	M03	5	M01	95	1∶19
B3	M03	2	M01	98	1∶49
C1	M06	50	M03	50	1∶1
C2	M06	25	M03	75	1∶3
C3	M06	10	M03	90	1∶9
C4	M06	5	M03	95	1∶19
C5	M06	2	M03	98	1∶49

混合斑样本编号	精液		静脉血		V_精液∶V_静脉血
混合斑样本编号	供体	体积/μL	供体	体积/μL	V_精液∶V_静脉血
A1	M01	25	M06	75	1∶3
A2	M01	10	M06	90	1∶9
A3	M01	2	M06	98	1∶49
B1	M03	10	M01	90	1∶9
B2	M03	5	M01	95	1∶19
B3	M03	2	M01	98	1∶49
C1	M06	50	M03	50	1∶1
C2	M06	25	M03	75	1∶3
C3	M06	10	M03	90	1∶9
C4	M06	5	M03	95	1∶19
C5	M06	2	M03	98	1∶49

cSNP	cDNA		gDNA
cSNP	扩增子长度/ bp	引物序列（5'→3'）	扩增子长度/bp	引物序列（5'→3'）
rs9876921	156	F：TCATCTGGTTGGTGAAGATGGTG R：CAGAGGAGCCTTCTGGATACTTG	217	F：TCATCTGGTTGGTGAAGATGGTG R：CAATCTTGACTATTTTCATGTTCTGGG
rs1995640	199	F：GTGTGCTATGATGAGCTTTGAGAA R：CAACGCTCTCAGCACTGTAGTC	150	F：CGTGCTCATTGGGAATTGGAC R：GTAGTCAGGATCCCAGCAAACA
rs1058274	253	F：TGCTCGGGTGATTCTGGGG R：ACAAAGGTCAGTAGAACTGGGGA	224	F：CTGTAATGGTGTGCTTCAAGGTATC R：ACAAAGGTCAGTAGAACTGGGGA
rs2301366	247	F：GGGACAAAAAGGTGGATCAAAAGG R：TTGACTTCCACCTAGATGTCGTTG	83	F：TTCTATTCAATACACATATCATGTAGATGCC R：TTGACTTCCACCTAGATGTCGTTG
rs737008	90	F：AGTTTGGTGGATGTGCTATTTTGT R：CACGGAGGAGAGCCATGAGG	220	F：AGTTTGGTGGATGTGCTATTTTGT R：GACAAAGAAGTCGCAGACGAAG

cSNP	cDNA		gDNA
cSNP	扩增子长度/ bp	引物序列（5'→3'）	扩增子长度/bp	引物序列（5'→3'）
rs9876921	156	F：TCATCTGGTTGGTGAAGATGGTG R：CAGAGGAGCCTTCTGGATACTTG	217	F：TCATCTGGTTGGTGAAGATGGTG R：CAATCTTGACTATTTTCATGTTCTGGG
rs1995640	199	F：GTGTGCTATGATGAGCTTTGAGAA R：CAACGCTCTCAGCACTGTAGTC	150	F：CGTGCTCATTGGGAATTGGAC R：GTAGTCAGGATCCCAGCAAACA
rs1058274	253	F：TGCTCGGGTGATTCTGGGG R：ACAAAGGTCAGTAGAACTGGGGA	224	F：CTGTAATGGTGTGCTTCAAGGTATC R：ACAAAGGTCAGTAGAACTGGGGA
rs2301366	247	F：GGGACAAAAAGGTGGATCAAAAGG R：TTGACTTCCACCTAGATGTCGTTG	83	F：TTCTATTCAATACACATATCATGTAGATGCC R：TTGACTTCCACCTAGATGTCGTTG
rs737008	90	F：AGTTTGGTGGATGTGCTATTTTGT R：CACGGAGGAGAGCCATGAGG	220	F：AGTTTGGTGGATGTGCTATTTTGT R：GACAAAGAAGTCGCAGACGAAG

cSNP	基因	突变区域	突变类型	等位基因	最小等位基因频率（dbSNP数据库）
rs9876921	TGM4	编码区	错义突变	A/G	0.38
rs1995640	TGM4	编码区	同义突变	A/G	0.43
rs1058274	KLK3	3'非翻译区	-	A/G	0.20
rs2301366	SEMG1	编码区	错义突变	A/T	0.28
rs737008	PRM1	编码区	无义突变	G/T	0.49

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Application of SNaPshot Technology in Semen-Specific cSNP Genetic Marker

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