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蛋白芯片检测技术结合多维统计推断死亡时间
李文晋, 李健, 卢晓军, 等
2020, 36(5):
660-665,671.
DOI: 10.12116/j.issn.1004-5619.2020.05.010
摘要
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目的 利用2100生物分析仪结合蛋白芯片获取死后大鼠肝组织蛋白质表达谱,推测其与死亡时 间的关系。 方法 大鼠腹腔麻醉致死后置于 16 ℃环境中,提取死后 14 个时间点肝组织中的水溶性蛋白 质,使用蛋白芯片获取相对分子质量在14 000~230 000的蛋白质表达谱数据,并利用主成分分析(principal component analysis,PCA)、偏最小二乘-判别分析(partial least squares-discriminant analysis,PLS-DA)、 Fisher判别对数据进行分析。 结果 根据蛋白质表达谱的变化和PLS-DA结果将死亡时间分为A组(0 d)、 B组(1~9 d)、C组(12~30 d)。经Fisher判别,模型的训练集及测试集的预测准确率均为100.0%,训练集的内 部交叉验证准确率为100.0%。通过建立B、C组各时间点的Fisher判别模型缩小推断死亡时间窗口,B组中 训练集及测试集的预测准确率均为100.0%,训练集的内部交叉验证准确率为100.0%;C组中训练集及测试 集的预测准确率分别为95.2%、78.6%,训练集的内部交叉验证准确率为88.1%。 结论 蛋白芯片检测技术 可以快捷简便地获取大鼠死后不同时间点肝组织相对分子质量在14 000~230 000的水溶性蛋白质表达谱, 建立PLS-DA及Fisher判别模型对死亡时间进行分类预测判断,有望为死亡时间推断提供新的思路和方法。
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