高通量测序技术在法医学硅藻检验中的应用进展

doi:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.410807

摘要/Abstract

摘要：

硅藻检验是法医学水中尸体检验中鉴别生前溺水与死后抛尸、推断落水地点的重要手段，以硅藻DNA为主要研究对象的分子生物学技术成为硅藻检验的重要技术途径之一。近年来，高通量测序技术获得了较快发展，已被广泛应用于硅藻分类调查。本文对高通量测序技术及其在法医学硅藻检验中的研究和应用现状及前景进行综述。

关键词: 法医病理学, 高通量测序, 硅藻, 溺死, 分子种属鉴定, 综述

Abstract:

Diatom detection is an important method for identifying drowning and throwing corpses after death and inferring the drowning sites in forensic examination of corpses in water. In recent years,high-throughput sequencing technology has achieved rapid development and has been widely used in research related to diatom taxonomic investigations. This paper reviews the research status and prospects of high-throughput sequencing technology and its application in forensic diatom detection.

Key words: forensic pathology, high-throughput sequencing, diatoms, drowning, molecular species identification, review

中图分类号:

DF795.1

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基因	名称	数据库
核糖体DNA	18S rDNA	Genebank，Sliva
	28S rDNA	Genebank，Sliva，RDP
	ITS	Genebank，UNITE
线粒体DNA	COⅠ	Genebank，BOLD SYSTEM
叶绿体DNA	rbcL	Genebank，BOLD SYSTEM，R-Syst：diatom
	PsbA	Genebank
	UPA	Genebank

基因	名称	数据库
核糖体DNA	18S rDNA	Genebank，Sliva
	28S rDNA	Genebank，Sliva，RDP
	ITS	Genebank，UNITE
线粒体DNA	COⅠ	Genebank，BOLD SYSTEM
叶绿体DNA	rbcL	Genebank，BOLD SYSTEM，R-Syst：diatom
	PsbA	Genebank
	UPA	Genebank

目的基因	引物名称	引物序列（5'→3'）	扩增长度/bp	参考文献
核糖体	18S-605F	CTGCGAACGGCTCATTAT	129	[73]
	18S-605R	AGGCCCGGCATTGTTATT
	18SF	CAATTGGAGGGCAAGTCTGG	184~195	[74]
	18SR	CCCTGCACGACAACCTAATG
	18SF	TTCTATGGGTGGTGGTGCAT	167~169	[74]
	18SR	GCCCCTATCTTCCTGCATCT
	18SF	TGCATGGCCGTTCTTAGTTG	153~159	[74]
	18SR	TTGCCGCTATCTTCCTGCAT
	Bac 1209F	CAGGTCTGTGATGCCCTT	183~191	[75]
	Bac 1209R	CAATGCAGNTTGATGANCTG
	D512F	ATTCCAGCTCCAATAGCG	434~444	[44]
	D978R	GACTACGATGGTATCTAATC
	A145F	CCGTAGTAATTCTAGAGCTAATA	359~372	[76]
	A145R	CTCATTCCAATTGCCAGACC
	18SF	CAATTGGAGGGCAAGTCTGG	184~195	[74]
	18SR	GCTTTGAACGCGCTGATTTT
叶绿体	NDF	ATTAGGTTTATCTGGTAAAAACTAC	118	[77]
	NDR	TTCTCTCCAACGCATGAA
	psaA-2F	GGCACTGGATCTACACGGTA	154	[71]
	psaA-2R	TCCGTATCACACCACAACCA
	BacirbcL2F	GAAGGTTTAAAAGGTGGTTTAGA	397	[78]
	BacirbcL2R	CTACACCAGACATACGCATCC
	Diat-rbcLF	AAGGHTTAAAAGGTGGTTTAGA	464	[79]
	Diat-rbcLR	RTARAAACCTTTAATCA
	ND-rbcLF	CTCAACCATTCATGCG	201	[19]
	ND-rbcLR	CTGTGTAACCCATAAC
	rbcLF	GGTAAATTAGAAGGTGATCCTTTA	221	[55]
	rbcLR	GTRCCACCACCRAATTGTA
	PsbA21-350F	TTCTCTGATGGAATGCCTCTA	350	[80]
	PsbA21-350R	CAGATACCTACTACAGGCCATA
	EG1F	ATGTGGCGCCAAGGAATGTTTGT	194~206	[81]
	EG1R	ACCCAATGCCAAATAGCAGC
线粒体	KEint2F	GAAGCWGGWGTWGGTACWGGWTG	600	[82]
	KEintR	CAAATAAAATTRATWGCWCCTAA
	DiamF3F	CCAACCAYAAAGATATWGGWAC	665	[54]
	KEdtmR	AAACTTCWGGRTGACCAAAAA

目的基因	引物名称	引物序列（5'→3'）	扩增长度/bp	参考文献
核糖体	18S-605F	CTGCGAACGGCTCATTAT	129	[73]
	18S-605R	AGGCCCGGCATTGTTATT
	18SF	CAATTGGAGGGCAAGTCTGG	184~195	[74]
	18SR	CCCTGCACGACAACCTAATG
	18SF	TTCTATGGGTGGTGGTGCAT	167~169	[74]
	18SR	GCCCCTATCTTCCTGCATCT
	18SF	TGCATGGCCGTTCTTAGTTG	153~159	[74]
	18SR	TTGCCGCTATCTTCCTGCAT
	Bac 1209F	CAGGTCTGTGATGCCCTT	183~191	[75]
	Bac 1209R	CAATGCAGNTTGATGANCTG
	D512F	ATTCCAGCTCCAATAGCG	434~444	[44]
	D978R	GACTACGATGGTATCTAATC
	A145F	CCGTAGTAATTCTAGAGCTAATA	359~372	[76]
	A145R	CTCATTCCAATTGCCAGACC
	18SF	CAATTGGAGGGCAAGTCTGG	184~195	[74]
	18SR	GCTTTGAACGCGCTGATTTT
叶绿体	NDF	ATTAGGTTTATCTGGTAAAAACTAC	118	[77]
	NDR	TTCTCTCCAACGCATGAA
	psaA-2F	GGCACTGGATCTACACGGTA	154	[71]
	psaA-2R	TCCGTATCACACCACAACCA
	BacirbcL2F	GAAGGTTTAAAAGGTGGTTTAGA	397	[78]
	BacirbcL2R	CTACACCAGACATACGCATCC
	Diat-rbcLF	AAGGHTTAAAAGGTGGTTTAGA	464	[79]
	Diat-rbcLR	RTARAAACCTTTAATCA
	ND-rbcLF	CTCAACCATTCATGCG	201	[19]
	ND-rbcLR	CTGTGTAACCCATAAC
	rbcLF	GGTAAATTAGAAGGTGATCCTTTA	221	[55]
	rbcLR	GTRCCACCACCRAATTGTA
	PsbA21-350F	TTCTCTGATGGAATGCCTCTA	350	[80]
	PsbA21-350R	CAGATACCTACTACAGGCCATA
	EG1F	ATGTGGCGCCAAGGAATGTTTGT	194~206	[81]
	EG1R	ACCCAATGCCAAATAGCAGC
线粒体	KEint2F	GAAGCWGGWGTWGGTACWGGWTG	600	[82]
	KEintR	CAAATAAAATTRATWGCWCCTAA
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	KEdtmR	AAACTTCWGGRTGACCAAAAA

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