Application Progress of High-Throughput Sequencing Technology in Forensic Diatom Detection

doi:10.12116/j.issn.1004-5619.2021.410807

Abstract

Abstract:

Diatom detection is an important method for identifying drowning and throwing corpses after death and inferring the drowning sites in forensic examination of corpses in water. In recent years,high-throughput sequencing technology has achieved rapid development and has been widely used in research related to diatom taxonomic investigations. This paper reviews the research status and prospects of high-throughput sequencing technology and its application in forensic diatom detection.

Key words: forensic pathology, high-throughput sequencing, diatoms, drowning, molecular species identification, review

CLC Number:

DF795.1

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基因	名称	数据库
核糖体DNA	18S rDNA	Genebank，Sliva
	28S rDNA	Genebank，Sliva，RDP
	ITS	Genebank，UNITE
线粒体DNA	COⅠ	Genebank，BOLD SYSTEM
叶绿体DNA	rbcL	Genebank，BOLD SYSTEM，R-Syst：diatom
	PsbA	Genebank
	UPA	Genebank

基因	名称	数据库
核糖体DNA	18S rDNA	Genebank，Sliva
	28S rDNA	Genebank，Sliva，RDP
	ITS	Genebank，UNITE
线粒体DNA	COⅠ	Genebank，BOLD SYSTEM
叶绿体DNA	rbcL	Genebank，BOLD SYSTEM，R-Syst：diatom
	PsbA	Genebank
	UPA	Genebank

目的基因	引物名称	引物序列（5'→3'）	扩增长度/bp	参考文献
核糖体	18S-605F	CTGCGAACGGCTCATTAT	129	[73]
	18S-605R	AGGCCCGGCATTGTTATT
	18SF	CAATTGGAGGGCAAGTCTGG	184~195	[74]
	18SR	CCCTGCACGACAACCTAATG
	18SF	TTCTATGGGTGGTGGTGCAT	167~169	[74]
	18SR	GCCCCTATCTTCCTGCATCT
	18SF	TGCATGGCCGTTCTTAGTTG	153~159	[74]
	18SR	TTGCCGCTATCTTCCTGCAT
	Bac 1209F	CAGGTCTGTGATGCCCTT	183~191	[75]
	Bac 1209R	CAATGCAGNTTGATGANCTG
	D512F	ATTCCAGCTCCAATAGCG	434~444	[44]
	D978R	GACTACGATGGTATCTAATC
	A145F	CCGTAGTAATTCTAGAGCTAATA	359~372	[76]
	A145R	CTCATTCCAATTGCCAGACC
	18SF	CAATTGGAGGGCAAGTCTGG	184~195	[74]
	18SR	GCTTTGAACGCGCTGATTTT
叶绿体	NDF	ATTAGGTTTATCTGGTAAAAACTAC	118	[77]
	NDR	TTCTCTCCAACGCATGAA
	psaA-2F	GGCACTGGATCTACACGGTA	154	[71]
	psaA-2R	TCCGTATCACACCACAACCA
	BacirbcL2F	GAAGGTTTAAAAGGTGGTTTAGA	397	[78]
	BacirbcL2R	CTACACCAGACATACGCATCC
	Diat-rbcLF	AAGGHTTAAAAGGTGGTTTAGA	464	[79]
	Diat-rbcLR	RTARAAACCTTTAATCA
	ND-rbcLF	CTCAACCATTCATGCG	201	[19]
	ND-rbcLR	CTGTGTAACCCATAAC
	rbcLF	GGTAAATTAGAAGGTGATCCTTTA	221	[55]
	rbcLR	GTRCCACCACCRAATTGTA
	PsbA21-350F	TTCTCTGATGGAATGCCTCTA	350	[80]
	PsbA21-350R	CAGATACCTACTACAGGCCATA
	EG1F	ATGTGGCGCCAAGGAATGTTTGT	194~206	[81]
	EG1R	ACCCAATGCCAAATAGCAGC
线粒体	KEint2F	GAAGCWGGWGTWGGTACWGGWTG	600	[82]
	KEintR	CAAATAAAATTRATWGCWCCTAA
	DiamF3F	CCAACCAYAAAGATATWGGWAC	665	[54]
	KEdtmR	AAACTTCWGGRTGACCAAAAA

目的基因	引物名称	引物序列（5'→3'）	扩增长度/bp	参考文献
核糖体	18S-605F	CTGCGAACGGCTCATTAT	129	[73]
	18S-605R	AGGCCCGGCATTGTTATT
	18SF	CAATTGGAGGGCAAGTCTGG	184~195	[74]
	18SR	CCCTGCACGACAACCTAATG
	18SF	TTCTATGGGTGGTGGTGCAT	167~169	[74]
	18SR	GCCCCTATCTTCCTGCATCT
	18SF	TGCATGGCCGTTCTTAGTTG	153~159	[74]
	18SR	TTGCCGCTATCTTCCTGCAT
	Bac 1209F	CAGGTCTGTGATGCCCTT	183~191	[75]
	Bac 1209R	CAATGCAGNTTGATGANCTG
	D512F	ATTCCAGCTCCAATAGCG	434~444	[44]
	D978R	GACTACGATGGTATCTAATC
	A145F	CCGTAGTAATTCTAGAGCTAATA	359~372	[76]
	A145R	CTCATTCCAATTGCCAGACC
	18SF	CAATTGGAGGGCAAGTCTGG	184~195	[74]
	18SR	GCTTTGAACGCGCTGATTTT
叶绿体	NDF	ATTAGGTTTATCTGGTAAAAACTAC	118	[77]
	NDR	TTCTCTCCAACGCATGAA
	psaA-2F	GGCACTGGATCTACACGGTA	154	[71]
	psaA-2R	TCCGTATCACACCACAACCA
	BacirbcL2F	GAAGGTTTAAAAGGTGGTTTAGA	397	[78]
	BacirbcL2R	CTACACCAGACATACGCATCC
	Diat-rbcLF	AAGGHTTAAAAGGTGGTTTAGA	464	[79]
	Diat-rbcLR	RTARAAACCTTTAATCA
	ND-rbcLF	CTCAACCATTCATGCG	201	[19]
	ND-rbcLR	CTGTGTAACCCATAAC
	rbcLF	GGTAAATTAGAAGGTGATCCTTTA	221	[55]
	rbcLR	GTRCCACCACCRAATTGTA
	PsbA21-350F	TTCTCTGATGGAATGCCTCTA	350	[80]
	PsbA21-350R	CAGATACCTACTACAGGCCATA
	EG1F	ATGTGGCGCCAAGGAATGTTTGT	194~206	[81]
	EG1R	ACCCAATGCCAAATAGCAGC
线粒体	KEint2F	GAAGCWGGWGTWGGTACWGGWTG	600	[82]
	KEintR	CAAATAAAATTRATWGCWCCTAA
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