Recommendations for the Standardization of Forensic Microbiological Analysis

doi:10.12116/j.issn.1004-5619.2025.550501

Abstract

Abstract:

With advances in microbiome research and the continuous advancement of detection technologies, the application of microorganisms in forensic medicine has become increasingly widespread, covering areas such as individual identification, body fluid source inference, biogeographical analysis, postmortem interval estimation, and determination of the cause and location of death. However, due to the lack of a comprehensive standardized system, batch effects and inter-laboratory differences have led to low reproducibility of analysis results. This problem is particularly evident in low-quality forensic samples, which compromise the reliability and evidential value of forensic microbiological analyses. Therefore, based on domestic and international research progress and practical experience, this paper systematically summarizes and discusses the standardization of forensic microbiological analysis, aiming to improve the reliability of results and promote the standardization of forensic microbiological analysis.

Key words: forensic medicine, forensic microbiology, nucleic acid analysis, reproducibility, standardization

CLC Number:

Zhi-yong LIU, Xing-chun ZHAO, Ling CHEN, Ri-ga WU, Mei-qing YUAN, Xiao-hui CHEN, Jian ZHAO, Qu-yi XU, Chang-hui LIU, Hong-yu SUN, Chao LIU. Recommendations for the Standardization of Forensic Microbiological Analysis[J]. Journal of Forensic Medicine, 2025, 41(5): 482-493.

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[98]	TETTAMANTI BOSHIER F A， SRINIVASAN S， LOPEZ A， et al. Complementing 16S rRNA gene amplicon sequencing with total bacterial load to infer absolute species concentrations in the vaginal microbiome[J]. mSystems，2020，5（2）：e00777-19. doi：10.1128/MSYSTEMS.00777-19 .
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发表年份	文件名称	来源
2015	The microbiome quality control project： baseline study design and future directions	[28]
2016	基于高通量测序的微生物检测方法第1部分：基本规程	T/SZGIA 1—2016
2017	基于高通量测序的环境微生物检测第3部分：人粪便微生物16S rRNA基因检测法	T/SZGIA 1.3—2017
2017	基于高通量测序的环境微生物检测第4部分：临床样本病原微生物检测	T/SZGIA 1.4—2017
2018	基于高通量测序的环境微生物检测第2部分：人粪便微生物宏基因组检测方法	T/SZGIA 1.2—2018
2018	临床微生物学检验样本的采集和转运	WS/T 640—2018
2019	病原微生物实验室管理评价体系	T/ZS 0068—2019
2019	DNA extraction for human microbiome studies： the issue of standardization	[29]
2020	废水处理系统微生物样品前处理通用技术规范	GB/T 39303—2020
2020	微生物超低频突变测定双重测序法	GB/T 38481—2020
2020	体外诊断检验系统病原微生物检测和鉴定用核酸定性体外检验程序第1部分：通用要求、术语和定义	GB/T 39367.1—2020
2020	微生物检测方法确认与验证指南	RB/T 033—2020
2020	病原微生物实验室生物安全风险管理指南	RB/T 040—2020
2020	高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识	[30]
2020	微生物组测序与分析专家共识	[31]
2020	STROBE-metagenomics： a STROBE extension statement to guide the reporting of metagenomics studies	[32]
2021	环境微生物宏基因组检测高通量测序法	GB/T 40226—2021
2021	医学实验室质量和能力的要求第6部分：临床微生物学检验领域的要求	GB/T 22576.6—2021
2021	用于病原微生物高通量检测的核酸提取技术规范	GB/T 40458—2021
2021	微生物痕量基因残留测定微滴数字PCR法	GB/T 38485—2021
2021	基因检测服务中微生物组数据共享规范	T/LTIA 13—2021
2021	食品微生物样品采集规范	T/NAIA 038—2021
2021	宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识	[33]
2021	Reporting guidelines for human microbiome research： the STORMS checklist	[34]
2022	生物安全领域反恐怖防范要求第1部分：高等级病原微生物实验室	GA 1802.1—2022
2022	生物安全领域反恐怖防范要求第2部分：病原微生物菌（毒）种保藏中心	GA 1802.2—2022
2022	微生物实验室环境监测技术规程	T/SZCA 4—2022
2022	微生物数据库安全体系设计要求	T/CIIA 030—2022
2022	临床微生物检验基本技术标准	WS/T 805—2022
2022	Building up a clinical microbiota profiling： a quality framework proposal	[35]
2023	空气中病原微生物宏基因组测序鉴定方法	GB/T 43628—2023
2023	食品安全国家标准食品微生物学检验总则	GB 4789.1—2016
2023	公共卫生检测与评价实验室常用名词术语标准第3部分：微生物检测	WS/T 10011.3—2023
2023	微生物科学数据传输与加密安全技术要求	T/STRSA 003—2023
2023	微生物科学数据汇交与安全管理要求	T/STRSA 004—2023
2024	微生物资源库建设与管理规范	DB4403/T 469—2024
2024	病原微生物宏基因组测序检测技术规程	T/SDAS 1033—2024
2024	食品中病原微生物核酸提取规范	T/AHFIA 116—2024
2024	食品中病原微生物核酸检测实验室管理规范	T/AHFIA 115—2024
2024	动物病原微生物基因扩增实验室技术要求	T/SHAAV 014—2024
2024	涉及病原微生物的科研项目生物安全审查规范	T/ZS 0594—2024
2024	International consensus statement on microbiome testing in clinical practice	[36]
2025	人肠道微生物高通量测序检测解读规范	T/SZAS 94—2025

发表年份	文件名称	来源
2015	The microbiome quality control project： baseline study design and future directions	[28]
2016	基于高通量测序的微生物检测方法第1部分：基本规程	T/SZGIA 1—2016
2017	基于高通量测序的环境微生物检测第3部分：人粪便微生物16S rRNA基因检测法	T/SZGIA 1.3—2017
2017	基于高通量测序的环境微生物检测第4部分：临床样本病原微生物检测	T/SZGIA 1.4—2017
2018	基于高通量测序的环境微生物检测第2部分：人粪便微生物宏基因组检测方法	T/SZGIA 1.2—2018
2018	临床微生物学检验样本的采集和转运	WS/T 640—2018
2019	病原微生物实验室管理评价体系	T/ZS 0068—2019
2019	DNA extraction for human microbiome studies： the issue of standardization	[29]
2020	废水处理系统微生物样品前处理通用技术规范	GB/T 39303—2020
2020	微生物超低频突变测定双重测序法	GB/T 38481—2020
2020	体外诊断检验系统病原微生物检测和鉴定用核酸定性体外检验程序第1部分：通用要求、术语和定义	GB/T 39367.1—2020
2020	微生物检测方法确认与验证指南	RB/T 033—2020
2020	病原微生物实验室生物安全风险管理指南	RB/T 040—2020
2020	高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识	[30]
2020	微生物组测序与分析专家共识	[31]
2020	STROBE-metagenomics： a STROBE extension statement to guide the reporting of metagenomics studies	[32]
2021	环境微生物宏基因组检测高通量测序法	GB/T 40226—2021
2021	医学实验室质量和能力的要求第6部分：临床微生物学检验领域的要求	GB/T 22576.6—2021
2021	用于病原微生物高通量检测的核酸提取技术规范	GB/T 40458—2021
2021	微生物痕量基因残留测定微滴数字PCR法	GB/T 38485—2021
2021	基因检测服务中微生物组数据共享规范	T/LTIA 13—2021
2021	食品微生物样品采集规范	T/NAIA 038—2021
2021	宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识	[33]
2021	Reporting guidelines for human microbiome research： the STORMS checklist	[34]
2022	生物安全领域反恐怖防范要求第1部分：高等级病原微生物实验室	GA 1802.1—2022
2022	生物安全领域反恐怖防范要求第2部分：病原微生物菌（毒）种保藏中心	GA 1802.2—2022
2022	微生物实验室环境监测技术规程	T/SZCA 4—2022
2022	微生物数据库安全体系设计要求	T/CIIA 030—2022
2022	临床微生物检验基本技术标准	WS/T 805—2022
2022	Building up a clinical microbiota profiling： a quality framework proposal	[35]
2023	空气中病原微生物宏基因组测序鉴定方法	GB/T 43628—2023
2023	食品安全国家标准食品微生物学检验总则	GB 4789.1—2016
2023	公共卫生检测与评价实验室常用名词术语标准第3部分：微生物检测	WS/T 10011.3—2023
2023	微生物科学数据传输与加密安全技术要求	T/STRSA 003—2023
2023	微生物科学数据汇交与安全管理要求	T/STRSA 004—2023
2024	微生物资源库建设与管理规范	DB4403/T 469—2024
2024	病原微生物宏基因组测序检测技术规程	T/SDAS 1033—2024
2024	食品中病原微生物核酸提取规范	T/AHFIA 116—2024
2024	食品中病原微生物核酸检测实验室管理规范	T/AHFIA 115—2024
2024	动物病原微生物基因扩增实验室技术要求	T/SHAAV 014—2024
2024	涉及病原微生物的科研项目生物安全审查规范	T/ZS 0594—2024
2024	International consensus statement on microbiome testing in clinical practice	[36]
2025	人肠道微生物高通量测序检测解读规范	T/SZAS 94—2025

年度	文件名称	规范对象	发表机构
2017	Contamination Prevention and Detection Guidelines for Forensic DNA Laboratories	实验室	SWGDAM^1）
2022	DNA检验用产品人源性污染防控规范（GB/T41844—2022）	试剂、耗材	国家标准化管理委员会
2023	法医物证实验室污染防控技术规范（SF/T 0129—2023）	实验室及人员	司法部
2023	Guideline for DNA Contamination Minimization in DNA Laboratories	实验室	ENFSI^2）
2023	Contamination Controls： Scene of Crime （FSR-GUI-0016）	犯罪现场	FSR^3）
2023	DNA Contamination Controls - Laboratory （FSR-GUI-0018）	实验室	FSR^3）
2025	DNA Contamination Controls - Forensic Medical Examinations （FSR-GUI-0017）	人员	FSR^3）

年度	文件名称	规范对象	发表机构
2017	Contamination Prevention and Detection Guidelines for Forensic DNA Laboratories	实验室	SWGDAM^1）
2022	DNA检验用产品人源性污染防控规范（GB/T41844—2022）	试剂、耗材	国家标准化管理委员会
2023	法医物证实验室污染防控技术规范（SF/T 0129—2023）	实验室及人员	司法部
2023	Guideline for DNA Contamination Minimization in DNA Laboratories	实验室	ENFSI^2）
2023	Contamination Controls： Scene of Crime （FSR-GUI-0016）	犯罪现场	FSR^3）
2023	DNA Contamination Controls - Laboratory （FSR-GUI-0018）	实验室	FSR^3）
2025	DNA Contamination Controls - Forensic Medical Examinations （FSR-GUI-0017）	人员	FSR^3）